网络图经典案例:在线四步绘制朱缨花图-附示例数据
本教程主要讲解上面的例图的制作过程,一共四步,操作时间约20分钟,B站视频实操地址:https://www.bilibili.com/video/BV1w64y1c7Gg。您可以先学习例图的绘制方法,再替换成您的数据,更容易上手。
为什么是朱缨花图?
如上例图,出现在文章中极具震撼力,每一片花瓣对应一个核心节点,有限的节点数对应大量的子节点,形成了花团锦簇的效果,更突出了核心节点(字母A-F)的重要性。从本质上来说,这只是一个网络图,但网络图也有很多不同形式,其表现力也不同,当您的数据存在有限的几个重要对象(如miRNA,蛋白等),其又存在一对多的关系时(如miRNA靶向的转录本,蛋白参与影响的众多通路等),就非常适合用朱缨花图来呈现,以下是相同数据的不同布局,可以对比一下:
材料准备
示例数据
需要的示例输入文件可以扫码得到:
链接:https://pan.baidu.com/s/1Z-Dvd4wK1-P5O-ZvV6gkJA
提取码:tx34
下载得到的示例数据内容如右图,其中,“OmicStudio-朱缨花图输入文件.xlsx”是基础输入数据,“node.xlsx”和“edge.xlsx”是高级属性输入数据。
“朱缨花图.*”(*指代tiff、pptx、png、pdf和docx)是绘制得到的结果,其中png和tiff是非矢量图(像素分别为600dpi和300dpi,足够发文),pdf 、pptx和docx是矢量图,可以先看下效果再决定是否阅读后续内容。
绘制方式
https://www.omicstudio.cn/tool/56。免费注册,免费使用。以下为工具界面。
一分钟出图演示
上传基础输入数据:绘图数据-不使用示例数据-输入文件-上传“OmicStudio-朱缨花图输入文件.xlsx”。
上传高级属性文件:参数调整-图形调整-需要自定义调整节点以及边属性-上传“node.xlsx”和“edge.xlsx”。
像视频中演示的,这三个文件上传完成后再稍做调整便可完成绘制。整个过程就是这么简单,所以,重点是高级属性文件(“node.xlsx”和“edge.xlsx”)如何整理。往下看吧。
1.OmicStudio朱缨花网络图-一分钟出图演示_腾讯视频
1.上传基础输入文件,下载高级属性文件
上传基础输入文件后,在“参数调整-图形调整”中设置布局为“stress”,可以得到如图效果。
目前,形状已经有了,还需要对每一片花瓣着色。着色方法是,在“是否需要自定义调整节点以及边属性”中先下载“edge.xlsx”和“node.xlsx”文件。这两个文件是根据您的文件自动生成的属性默认参数,当有什么功能是页面参数无法满足的,直接修改此文件中的值,然后原位上传即可。修改方法见下文。
2.修改点属性(颜色,点大小,标签)
从上图中我们可以注意到,有五个红色的核心节点,我们需要做的是在点属性中分别找到核心节点对应的子节点,然后分别附不同的颜色值。
我们先观察输入文件:绿框、红框和蓝框分别对应基础输入文件、node.xlsx和edge.xlsx。默认出图只有两种颜色是因为红框第二列(group)默认只有两种分类(Source和Target),与此对应的,字号(size)、颜色(color)和点类型(node_type)都只有两种。若要改变点颜色,我们就需要把红框中的主节点对应的子节点都找出来,然后赋相同的颜色值,比如,绿框中已经指明,A(第一列,1-10行)对应a1-a10(第二列,1-10行),就需要把红框中的A和a1-a10都找出来,赋相同的颜色值,同理,蓝框中边的颜色也需要用这种方式来修改。
接下来,我们看如何方便快速地操作(A.重设分组,group列;B.重设颜色,color列;C.重设点大小,size列;D.重设label列):
A-1.如截图,我们需要在I列匹配出A列的主节点,K列和L列是基础输入数据中定义的关系对(关系对怎么整理我们最后说),我们复制到此表备用。接下来我们需要在I列写一个函数:INDEX(需要匹配得到的列,MATCH(待匹配对象,带匹配对象所在列,0代表精确匹配))。不要问为什么这么写,问就是这么写就对了,这个操作后面会重复好几次,做一遍下来就背得啦。
A-2.填完函数后,在此格子右下角双击,让函数在此列批量复制,于是节点的对应关系就找到了。
A-3.通过公式找到对应关系后,需要把数据复制到B列(group列),这样,归属于一组的点就有了相同的组名。
2.OmicStudio朱缨花网络图-匹配关系对_腾讯视频
B-1.现在,我们已经将分组设置成了A-F六组,于是我们要选6个颜色:
可以直接点击这个地址https://www.omicstudio.cn/doc/431,也可以从云平台找到配色方案,路径如下:
快速找到好看的配色方案的方式如图,随意选一行颜色即可。
B-2.批量给颜色赋值的方式同A:
3.OmicStudio朱缨花网络图-批量设置颜色_腾讯视频
C.子节点(花瓣)的直径小一点图片整体更好看;
D.子节点(花瓣)的标签去掉更合适。
4.OmicStudio朱缨花网络图-直径和标签_腾讯视频
做完以上,就得到百度云盘中的node.xlsx文件啦。
3.修改边属性(颜色)
对edge.xlsx文件进行处理,方法同上。
5.OmicStudio朱缨花网络图-边属性_腾讯视频
做完以上,就得到百度云盘中的edge.xlsx文件啦。
4.图片美化与下载
现在美中不足的是图片偏扁,我们可以把宽高调成一样来调整图片比例。图片宽高调整和下载功能都在“结果下载”模块中。docx和pptx模式下每一个元素(点、边)都可以单独调整,非常方便进行个性化设置。
6.OmicStudio朱缨花网络图-图片美化与下载_腾讯视频
关于如何用自己的数据重现上述朱缨花图
首先需要明确一点,只有数据情况符合“少数几个主节点各自对应大量子节点”这样的情况才有可能做出朱缨花图。比如,miRNA和mRNA存在一对多的关系(靶向),如果精心挑选几个miRNA,这些miRNA各自又靶向众多mRNA,做出来的效果就会很接近例图。反之,蛋白和基因之间一般是一对一的关系,那么不会绘图方式如何处理,都无法做出花团锦簇的效果。
当数据情况符合时,只要上传关系对,云工具会自动做出一张图,布局选择“stress”即可得到雏形。然后下载“node.xlsx”和“edge.xlsx”得到有默认值的属性文件,在这此基础上用上述方法进行修改,即可做出朱缨花图。
关于此云工具的更详细说明
B站直播:https://www.bilibili.com/video/BV1w64y1c7Gg
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