POSTAR2:转录后调控预测网站

基因在从DNA变成蛋白的过程当中受到很多的调控的影响。其中主要包括：基因水平、转录水平、转录后水平、翻译水平和翻译后水平的调控，这五个水平的调控。转录后调控：是是真核细胞中，将初级转录RNA转化为成熟RNA的加工过程。其中包括常规的RNA的可变剪接调控、mRNA的5’加帽和3’加尾调控及microRNA调控等等

写在前面

• POSTAR2是一个基于CLIP-seq数据，Ribo-seq数据，RNA-seq数据来分析主要转录后调控因子调控作用的的网站。该网站包括 人类，小鼠，苍蝇，蠕虫，拟南芥和 酵母六种物种的数据。

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• 该数据库包括YTHDF2在内的171个转录后调控因子的调控结果。

• 该数据库提供了三种主要的检索方式：

• 1. RBP模式：通过检索指定的RNA绑定蛋白（RBP）来了解该蛋白主要和那些基因结合

  2. RNA模式：通过检索目标基因了解该基因收到那些RNA绑定蛋白的调控

  3. Translatome模式：通过检索目标基因，了解这个基因可能的翻译情况

这里主要介绍一下网站的前两个功能。

网站使用及结果解读：

RBP模式

该模式分为基本检索和高级检索两种模式。基本检索只需要输入基因名即可。如下图：这里我们检索 TAF15基因。点击确定。

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结果解读：

1. TAF15相关信息：其中包括：基因信息和和TAF15相互作用基因的富集结果; TAF15的motif以及TAF15的基本结构

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2. TAF15相互作用的具体基因结果：从中我们可以了解到: 相互作用基因的表达情况以及相互作用基因的具体位置和来自于哪个测序数据

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RNA模式

该模式主要包括四个模块： Binding sites; Crosstalk ; Variation以及Disease

基本检索方式就是直接检索基因名即可。这里我们检索：TP53。

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RNA:Binding sites

• 最先看到的是，关于TP53基因的基本信息和表达情况。

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• 接着可以看到：和TP53相互作用的RBP。这里我们可以选择不同的测序方式。同时网站还提供了数据下载的功能。

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RNA: Crosstalk

这一部分提供和目标基因相关的RBP结合位点和一些转录后调控事件（如miRNA靶标，RNA修饰和RNA编辑）的相互作用信息。方式也是：之间检索基因即可

1. 在RBP绑定位点上同时具有miRNA调控的信息

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2. 在RBP绑定位点上存在RNA修饰的信息：例如m6A等

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RNA: Variation

在这个部分我们可以查找在RBP绑定位点上存在单核苷酸基因突变的结果

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RNA: Disease

该模块提供位于RBP结合区域中的疾病相关SNV，包括GWAS SNP，ClinVar SNP，COSMIC数据库 SNV，TCGA全外显SNV的情况。

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数据下载

数据库在每个检索结果当中都提供了所有相关数据的下载。如果想要下载所有的数据。网站也是提供了各种的数据下载。直接下载就行。

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