课前准备----细胞邻域特征评分

2024-08-09  本文已影响0人  单细胞空间交响乐

作者,Evil Genius

今天我们需要实现下面的目标

内容很简单,通过细胞类型邻域来表征ST spot。灰色spot表示感兴趣的细胞类型,橙色表示“恶性”spot,虚线表示其周围的spot。spot通过邻域巨噬细胞(不同的细胞类型)评分进行表征。

其中,为了表征每个“恶性”spot周围的细胞类型组成,计算了每个细胞类型的两个分数指数,以捕捉它们的微环境。将“邻居分数”定义为包含该细胞类型的周围spot的分数。因此,该分数直接测量了相邻spot中的细胞类型组成。邻近性分数测量感兴趣的spot与每个细胞类型之间的接近程度,并计算为最短距离的倒数,最短距离为该类型的细胞。

完整代码如下:

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