思路清奇SCI:12.redox相关基因+ccRCC.（5+分）

PMID：33425212
发表杂志：Oxidative Medicine and Cellular Longevity

知识点

• Redox：氧化还原反应，在肿瘤的进展过程中作用显著。作者在GSEA中所示redox相关的通路，发现GO_CELL_REDOX_HOMEOSTASIS和GO_RESPONSE_TO_REDOX_STATE，共两个redox相关的基因集。
• Redox-Related lncRNAs：Redox相关的lncRNA，设置标准：Pearson Correlation Test, |Cor| > 0.5 and p.adj < 0.001.
• DERRlncRNAs：Differentially Expressed Redox-Related lncRNAs (DERRlncRNAs)，差异表达的lncRNAs, |logFC| > 1 and FDR < 0.05.
• 内部验证：作者将TCGA-KIRC病人，按照1:1比例，随机分为training和testing组，构建预后模型。

摘要

作者提取差异表达的氧化还原反应相关的lncRNA，构建并内部验证预后模型，并分析不同风险评分的病理特征。

整体思路

亮点

• Redox相关lncRNA切入点比较新颖

结果

1.模型构建

作者通过差异分析+unicox+lasso+multiCox筛选了9个redox相关的lncRNA，在训练集中构建预后模型。

Fig.1
Table 2

模型基因互作关系

Fig.6 Fig.2

2.模型验证

选用TCGA的内部数据集进行验证

Fig.3

3.模型周边

3.1 Nomgram+C-index

对构建的模型，计算Nomgram和C-index

Fig.4

3.2 模型GSEA富集分析+临床相关性

Fig.5
Fig.7
参考链接：
Development and Validation of a Nine-Redox-Related Long Noncoding RNA Signature in Renal Clear Cell Carcinoma