2020-11-06

本篇文献题目为《An Immunogram for the Cancer-Immunity Cycel_ Towards Personalized Immunotherapy of Lung Cancer》
为《A novel scoring method basedon RNA-Seq immunograms describing individual cancerimmunity interaction》同一团队所作，且此文章发表在前( accepted 4 January 2017);IF=13+

• 此文章选取了8个Axis:

  • IGS 1 , existence of T-cell immunity in the tumor;

  • IGS 2 , tumor antigenicity;

  • IGS 3 , priming and activation;

  • IGS 4 , trafficking and infiltration;

  • IGS 5 , recognition of tumor antigens;

  • IGS 6 to IGS 8 , suppressive factors preventing killing of cancer cells

• 方法

  • 多数利用RNA-Seq 的GSEA 算出得分(Normalized Enrichment Score,NES),转为Z-Score,再转为 immunogram score (IGS)：IGS = 3+1.5*Z

  • 有的是利用WES 测得neoantigen load，然后再将neoantigen load转为Z-Score,进而转为IGS

  • RNA-seq数据进行GSEA的时候，涉及到Gene Sets 选取，个别是有前文报道可参考，无据可依的，则是作者自行选取和定义的gene sets

  • 有的Axis算出IGS后，还对相应患者做了IHC，IHC的结果能够印证IGS

• 结果

  • Figure1,不赘述 image

  • Figure2

    • IGS1: Antitumor T-Cell Immunity的情况：86 gene sets来自于参考文献26-27；依据该结果分为了 9个T细胞炎症型，5个中间型，6个豁免型

    • 还进一步利用CD8和CD3抗体做了IHC，对IGS1分析的结果进行了实验验证：NES与CD3-positive area和 CD8-positive area显著正相关 image

  • Figure 3

  • IGS2：Tumor Antigenicity。利用number of candidate neoantigens and imCG antigens---Z-Score---IGS2

    • Figure3A: T细胞炎症型的肿瘤中，neoantigens and imCG antigens的中位数均较低，但最终的IGS得分，T细胞炎症型，中间型和豁免型之间似乎未见显著差别

  • IGS3：T-Cell Priming and Activation。GSEA所用53基因来自于参考文献26-27.

    • Figure3B: T细胞炎症型的肿瘤中，树突状细胞(抗原递呈)的IGS3是显著高于非炎症型的

  • IGS6：absence of inhibitory cells。

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