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MG2C网站更新(2024-06-07)

2024-06-06  本文已影响0人  守望一株麦穗

2024-06-07 功能更新

  1. mg2c_2.1版本增加了中文版(http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.1/index_cn.html),中文版与英文版功能完全相同。
    mg2c_v2.1 中文版界面

2024-06-05功能更新

  1. scale栏功能更新
    (1) decimal place设置的是刻度尺上显示的有效数字,此次纠正了设置有效数字后,但无法正确显示有效数字位数的问题。


    v2.1英文版 -- scale栏 v2.1中文版 -- 刻度尺栏

    更新之前,如果decimal place设为2,显示效果如下:


    数据更新之前
    更新之后,显示效果如下:
    数据更新之后的效果
  1. gene id 栏功能更新
    (2) 中 gene_display_type参数增加了选项6,设置后,染色体上除了基因线不再显示其他信息。(为了显示高密度图谱)


    v2.1英文版 -- geneid栏
    v2.1中文版 -- 基因ID栏
  2. 在画遗传图谱时。如果多个分子标记的起始位置完全相同,会出现geneid丢失,可对geneid位置进行微调即可解决该问题。
    例1:输入1数据

输入1:
n001    0.00    0.00    LG20    
n002    0.36    0.36    LG20    red
n003    0.36    0.36    LG20    
n004    0.36    0.36    LG20    
n005    0.72    0.72    LG20    
n006    0.72    0.72    LG20    
n007    0.72    0.72    LG20    
n008    0.72    0.72    LG20    
n009    1.44    1.44    LG20
输入2:
LG20    1.5

画遗传图谱时,需对参数做如下调整:


网页默认参数值 画遗传图谱时需要调整的几个参数

只保留了相同位置的最后一个基因(分子标记)


遗传图谱出现了缺少

将输入1中数据做如下调整后,就能画出完整的图谱。

对输入1中的位置信息进行微调:
n001    0.00    0.00    LG20    
n002    0.36    0.36    LG20    red
n003    0.3601  0.3601  LG20    
n004    0.3602  0.3602  LG20    
n005    0.72    0.72    LG20    
n006    0.7201  0.7201  LG20    
n007    0.7202  0.7202  LG20    
n008    0.7203  0.7203  LG20    
n009    1.44    1.44    LG20
遗传图谱完整显示

例2:更改基因ID的显示方式,有1到6可选。其中6是新加的类似于高密度图谱,只显示位置。
这里使用网页自带的数据。
当gene_display_type=1时,图谱显示效果如下:


gene_display_type=1
图谱显示效果图

当gene_display_type=2时,图谱显示效果如下:


图谱显示效果图

当gene_display_type=3时,图谱显示效果如下:


图谱显示效果图

当gene_display_type=4时,图谱显示效果如下:


图谱显示效果图

当gene_display_type=5时,图谱显示效果如下:


图谱显示效果图

当gene_display_type=6时,图谱显示效果如下:


图谱显示效果图

工具引用信息如下:
引用1: Jiangtao Chao#, Zhiyuan Li#, Yuhe Sun, Oluwaseun Olayemi Aluko, Xinru Wu, Qian Wang and Guanshan Liu.(2021). MG2C: a user-friendly online tool for drawing genetic maps. Molecular Horticulture,1:16.
引用2:MapGene2Chrom基于Perl和SVG语言绘制基因物理图谱. 晁江涛, 孔英珍, 王倩, 孙玉合, 龚达平, 吕婧, 刘贯山
. 遗传, 2015, 35(1): 91-97.
Chao Jiangtao, Kong, Yingzhen, Wang Qian, Sun Yuhe, Gong Daping, Lv Jing, Liu Guanshan*. (2015). Mapgene2chrom, a tool to draw gene physical map based on perl and svg languages. Hereditas, 37(1):91-97

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