如何使用Circos-1：总体介绍

说明，该系列原文写于2016年3月。

工作流程

• 确定如何展示数据(最难的部分)
• 原始数据转化为Circos所需文件格式
• 编写配置文件
• 运行circos得到 PNG 和 SVG 格式文件
• 编辑输出文件用于发表 (增加说明和文本标签等)

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整体说明

• 配置文件为了得到清晰的分层结构，以block的形式进行编写。

例1：

<ideogram>
 thickness = 30p
 fill = yes ...
</ideogram>

• 部分block 可以包含多个 instances, 例如包含多个data tracks.

以<links>举例，例2：

<links>
<link>
file = data/set1.txt
color = black ...
</link>
<link>
file = data/set2.txt
color = red ...
</link>
</links>

• 配置参数可以放置的四种位置：global, track, data and rules
• globally for all data points in all plot tracks
  • locally for all data points in a given plot track
  • specifically for a single data point(in the data file)
  • using a rule (in ablock)

备注1：参数优先级的问题
<rule>中的参数会覆盖 data file中的参数；
data file 中的参数会覆盖 <plot> 或者 <link> block中的参数；
<plot> or <link> block 中的参数会覆盖<plots> or <links>block中的参数。

备注2：绘制大量相似的tracks,例如一组柱状图，热图等，尽量使用全局的参数。

• 颜色和字体设置不需要经常改变，为了使主配置文件更加模块化，通常从外部文件输入这类配置， 使用

  <<include ...>>指令。

  因此如下两个文件在配置文件中一定要出现。

  <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> # colors, fonts and fill patterns
  <<include etc/housekeeping.conf>> # system and debug parameters
  
  

colors_fonts_patterns.conf文件本身又包含了三个文件，内容如下：

<colors>
<<include etc/colors.conf>>
</colors>

<fonts>
<<include etc/fonts.conf>>
</fonts>

<patterns>
<<include etc/patterns.conf>>
</patterns>

• 在配置文中，ideograms 和 tick mark formatting两个block通常通过 ticks.conf 和 ideogram.conf两个外部文件导入，因为这两部分内容配置相对复杂但是又和本身数据集无关。使用如下命令导入：

  <<include ideogram.conf>> # 该文件配置图形的大小、颜色、厚度和标签等信息
  <<include ticks.conf>> #该文件配置刻度标尺等信息
  

  备注3： ticks.conf 和 ideogram.conf最好和配置文件放置于同一目录下，以防出现绝对路径和相对路径混乱等不必要的麻烦。

• 配置文件中用到的单位

  • p (pixels) - used for quantities defined in absolute pixel size， such as track radius, label size, glyph size, and others.表示半径，标签和文字等的大小
  • r (relative) - quantifies a parameter relative to another value, which is sometimes more intuitive than using absolute pixel values. For example, label radial padding is relative to label width and label angular padding is relative to label height 相对位置（常用）
  • u (chromosome units) - special relative unit which expresses distance long ideogram in terms of the chromosomes_unit value 用来表示染色体单元在图形中过的长度
  • n (no unit) - explicit suffix for unitless values 无单位数值后缀
  • b (bases) - used to indicate distance along the ideogram 表示图形的距离

  例3：

  #1 pixel padding
  padding = 1p
  # relative padding (e.g. relative to label width)
  padding = -0.25r
  # radius of track (relative to inner ideogram radius)
  r0 = 0.5r
  # combination of relative and pixel values
  r1 = 0.5r+200p
  

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hello world 示例

# Chromosome name, size and color definition
karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt

<ideogram>

<spacing>
default = 0.005r
# Spacing between ideograms. Suffix "r" denotes a relative value.
#spacing是相对于圆周长而言
#可以给任意两条染色体设置不同的距离
#<pairwise hsY;hs1>
#spacing = 20r
#</pairwise>
</spacing>

# Ideogram position, thickness and fill.
#通常使用相对位置，注意，这里不该出现radius > 1r 的情况，
#因为这里的r是相对于整幅图片而言，如果大于1，你懂的。
radius = 0.90r

# 厚度既可以使用相对值也可以采用绝对值。
thickness = 20p

# Ideograms 可以填充颜色的同时也可以添加轮廓，或者二者只选其一。
# 颜色将会从karyotype file文件中读取,
# 或者通过 chromosomes_colors 进行设置。
# 当 stroke_thickness=0p 时没有轮廓。
fill = yes
stroke_color = dgrey
stroke_thickness = 2p

</ideogram>

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#注意：以下内容为默认配置，每一个配置文件均应包括。#
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<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>

<<include etc/housekeeping.conf>>

运行命令：> circos -conf myimage.conf

设置输出位置：> bin/circos -conf etc/circos.conf -outputdir /path/to/your/output/directory -outputfile yourimage.png

该配置效果示例如下

那circos究竟有多强大，可以参考下图

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