肿瘤生信文章TCGA

这篇14分+SCI也是从TCGA数据挖掘开始做起的

2021-07-01  本文已影响0人  SCI狂人团队

有人会说纯生信SCI是“垃圾论文”,一直忽略它的研究意义,大多数做纯生信数据挖掘的人都是没有钱做验证的,故没有办法证明某一分子是否促进/抑制肿瘤发生发展,更没有办法探索其具体作用机制,没有办法展现它的真实研究意义。不过话也说回来,不是所有纯生信筛选出来的分子都能够被实验验证,做实验验证也是存在一定风险的,可能花费了很多经费,到最后什么结果都没有得到。

今天分享一篇14分+SCI文章,这篇文章也是从TCGA数据挖掘开始做起的,然后通过实验验证以及作用机制的探索等一系列分析将文章发到Nature Communications上的。文章题目:METTL3 promotes tumour development by decreasing APC expression mediated by APC mRNA

N6-methyladenosine-dependent YTHDF binding(PMID: 34155197),如果感兴趣的话,可以自己下载进行详细阅读。

究竟是如何操作的呢?

1、通过数据挖掘筛选目标分子

一般都是通过下载TCGA数据,做差异分析,确定表达是否上调或者下调,然后进行预后分析,是否有值得研究,然后到GEO数据库找一下相关数据,如果能找到的话,就利用GEO数据进行验证先(做完这些的话就可以发一篇纯生信的SCI,很多1-3分的文章就是这样来的)。上面的差异分析都是基于数据挖掘的,其实不一定可信,然后需要用自己临床样本进行进行一步的验证,结果才会比较可靠。(有少量经费的人,可以做纯生信+简单实验

2、体内外证明目标分子具有促进/抑制肿瘤发生发展的作用(纯生信+一般实验,需要一定的经费,风险一般)

3、作用机制的探索(最难的一步,没有国自然基金的话,就不用看了,同时也是风险最大的 分析操作,需要一定的前期工作,而且阳性结果不容易出来)。

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