「JCVI教程」JCVI的模块简介
2020-04-29 本文已影响0人
xuzhougeng
JCVI的使用基本格式为python -m jcvi.模块.子功能 实际操作，因此了解JCVI的模块能够帮助我们去找到需要的功能。根据JCVI的源代码，我们可以知道它目前一共有10个模块，如下
algorithms: 算法模块
algorithms
annotation: 注释模块
annotation
assembly: 组装模块
assembly
compara: 比较基因组学模块
compara
projects: 之前的一些项目代码
projects
utils: 一些实用脚本
utils
variation： 变异检测模块
image.png
apps: 常用程序的封装
apps
formats: 各种模式的转换
formats
绘图模块: 用来绘制一些常用的图。
graphics
不同模块可能有不同的依赖，所以第一次使用的时候需要配置对应的环境。
