生信log3|Biostar生信学习小记|Taxonkit踩坑记

平台：MacOS，系统:Catalina

初次使用刚装上开箱后就用

conda install -c bioconda taxonkit
cat taxids.txt|taxonkit lineage

tumblr_oiskin6ocR1tapoh0o1_1280.jpg

结果出现了上图的报错，查找了官网发现，原来还需提前额外再装一个taxdump.tar.gz包并解压缩包后面的内容放到"$HOME/.taxonkit"才能开始用。

另：Home/.taxonkit 这个是隐藏文件的文件夹是需要自己提前创建的，并把taxdum.tar.gz压缩包的文件复制到隐藏文件夹中，linux上的默认位置是$Home/.taxonkit，Mac是 /Users/Your_name/.taxonkit。

#创建隐藏文件夹
mkdir .taxonkit
ls -la #这个命令查看隐藏的文件和文件夹

参考：

https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usagebioinf.shenwei.me
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