R基础 | Rstudio和R安装及更新

2019-07-25 本文已影响0人琼脂糖

R安装

选择自己电脑对应的系统版本下载。

mac用户更新分两步。

从CRAN下载最新的R pkg，安装后重启Rstudio。可以看到R version已经更新。
转移已经安装的R包
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/x.xx/Resources/library
x.xx为旧的版本号，换到新的版本号。
注意新的版本文件夹下已经存在的包不要替换了。如果替换了看第3步
路径可通过installed.packages()查看。
更新所有转移的包
update.packages(checkBuilt=TRUE)
查看是否成功

version

用packageStatus查看目前所有包的情况。packagestatus对象包含两个表，一个是inst，即从library文件夹检测所有包目前的情况；一个是avail，是从CRAN站点看所有可安装包的情况。

ps <- packageStatus()
inst <- ps$inst
View(inst)

image.png
可以发现显示unavailable的都停留在3.4版本没有更新，看起来都是bioconductor里面的包。那么再更新一下bioconductor。结果高于3.5R版本不能用bioconductor了

看了一下bioconductor网站，要这样更新

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

install.packages("installr")

library(installr)

updateR()