都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-d

之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件， 详细介绍了fastq-dump的用法。
虽然fastq-dump参数很多，而且一直被吐槽参数说明写的太差，但是如果真的要用起来其实也就是一行代码

fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra
# 加上--gzip后需要时间进行文件压缩

当然除了参数问题，还有一个让人诟病的地方就是他只能单个线程，所以速度特别的慢。尽管相对于下游分析要分析好几天而言，这点时间还能能等的。但是能快一点总是好的，所以在2018年的6月份，sra-tools更新了一个新的sra解压工具，fasterq-dump, a faster fastq-dump，它能利用临时文件和多线程加速从SRA文件提取FASTQ。

fasterq-dump的用法和fastq-dump一样，如下所示

fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra 

此外还有建立了GitHub Wiki提供使用教程，参见https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump。

重点参数是-e|threads, 用于选择使用多少线程进行运行，默认是6个线程。 同时考虑到有些人容易着急，还提供了-p选项用于显示当前进度。

我用一个9G大小的SRA文件，分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试。

time fastq-dump --split-3 -O test SRR5318040.sra
# 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 total
time fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra -e 20 -o SRR5318040
# 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25 total

从用户模式(user mode)来看, 两者的总CPU使用时间都差不多是560秒，从内核模式来看(Kernel Mode)来看，fasterq-dump花了更多时间在调用底层硬件上，例如分配内存地址。fastq-dump基本上稳定在一个线程，而fasterq-dump尽管指定了20个线程，但平均只用了11.5个线程吧。

对于我们而言，我们只要看最后的total部分，也就是实际花了多少时间。fastq-dump花了快10分钟，而fasterq-dump只需要1分钟，快了9倍多。

最后还有一点不足之处：输出的fastq的ID目前暂时没有选项可以调整，需要自己写个脚本解决。

ID