Autodock分子对接--2.蛋白和小分子的预处理（导出PDB

2018-10-02 本文已影响103人小洁忘了怎么分身

终于阔以回家咯，五点发射，赶紧发推文啦。
本文是以此博客为基础，查阅各方资料学习的：http://blog.sciencenet.cn/blog-3196388-1090023.html

分子可视化软件pyMOL：https://pymol.org/2/
MGLTools：http://mgltools.scripps.edu/
转换格式工具openbabel：http://openbabel.org/
在生信星球公众号后台回复“autodock”，我会把所需的软件和文件打包发给你。

下载安装包MGLTools1.5.6（这是当前版本，如果你看到教程时软件已有更新，请选择最新版本）。按照默认设置安装在C盘即可。
注意事项:避免中文路径。

安装完成后会在开始菜单显示

先找到：MGLTools-1.5.6\abt.bat
这里顺便安利一个从生信技能树学来的全局搜索神器-Everthing，下载地址http://www.voidtools.com/。

如果有重名文件，核对路径为MGLTools就对
右键创建一个快捷方式，放到桌面，虽然他长的不好看，但用处不小哦，稍后见分晓。

在D盘下新建文件夹D:\autodock_test，作为工作目录。用别的路径也可，注意避免中文路径。用everthing找到Autodock\4.2.6文件夹，复制到工作目录下，如图：

这里包括了autogrid和autodock
回到刚才创建的桌面快捷方式，右键，设置起始位置为工作目录。

改变软件读取和导出文件的起始位置，改为工作目录
注意：路径最好直接复制，框里的引号不要删掉。
把上次教程中准备好的蛋白（r.pdb）和小分子（p.pdb）拷贝到工作目录中。

pdbqt是AutoDock 特定的坐标文件格式。
双击桌面的快捷方式adt.bat即可打开autodock。这是一个神奇的免费软件呦。

包括加氢、计算电荷、添加原子类型
打开AutoDockTools，菜单栏“File->Read Molecule”打开r.pdb

载入蛋白
加氢：菜单栏Edit->Hydrogens->Add ok

加氢
计算电荷：菜单栏“Edit->Charges->Compute Gasteiger”

计算电荷
（3）给蛋白添加原子类型：菜单栏“Edit->Atoms->Assign AD4 type”
（4）最后导出为PDBQT文件：菜单栏“File->Save->Write PDBQT”，此时可在工作目录下看到多了一个“r.pdbqt”文件

先删除蛋白分子（Edit-delete molecule-r -delete molecule）。
需要做的准备有：判定root，选择可旋转的键，导出为PDBQT文件

通过ADT菜单栏“Ligand->Input->Open..”打开p.pdb文件，弹出一个对话框，点击‘确定’

点确定

这个对话框里面有个提示，就是小分子的总电荷数不是整数。所以要调整下，菜单栏：“Edit->Charges->Check Totals on Residues”，然后点击“Spread Charge Deficit over all atoms in residue”，然后“Dismiss”

ADT菜单栏：Ligand->Torsion Tree->Detect Root

Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions

表示该分子32个键中有13个可旋转的。其中红色表示不可旋转的键，绿色表示可旋转键，紫色表示不可扭转，通常为肽键，点击“Done”即可。如果要设置某个键不可扭转，那么先按住shift键，然后鼠标单击即可（颜色变成紫色）。

ADT菜单栏：“Ligand->Output->Save as PDBQT”