复现一篇高分(IF = 11.274)孟德尔随机化分析文章-da
2022-11-23 本文已影响0人
rapunzel0103
以下都以单个metabolite（5alpha-androstan-3beta,17beta-diol disulfate， met-a-746）作为示例分析
1. vcf 文件转换成TwoSampleMR可用的文件格式
1.1 exposure （以met-a-746为例）文件转换
下载vcf文件后，解压缩后格式为，前面带#注释的行都不要，从111行开始，是数据分析需要的信息
vcf文件格式
vcf文件格式
提取p-value<5e-8的所有variants的信息并输出到新的文件met-a-746.txt，共78个variants。
转换好的exposure met-a-746文件
1.2 outcome文件转换
类似的，可以将Alzheimer GWAS summary statistics转换为TwoSampleMR 可识别格式，该GWAS summary 不包含sample size和eaf信息，因此没有这两列。
转换好的outcome Alzheimer GWAS summary statistics文件
