系统发育基因组分析

合并单拷贝直系同源基因

2024-01-18  本文已影响0人  小黑采蘑菇

当我们提取完所有的单拷贝直系同源基因之后,需要把所有物种的同个基因复制到同一个fasta文件中,因此,写下了这个代码,其中gene_list.txt是所有的基因前缀,list.txt是每个物种文件夹的名称。其中的文件夹具体路径还可以

for i in $(cat gene_list.txt);do
    for j in $(cat list.txt);do
        if [ -f ./${j}/single_copy_busco_sequences/${i}.faa ];then
            echo ">${j}" >> ./2all/${i}.fasta;
            grep -v ">" ./${j}/single_copy_busco_sequences/${i}.faa >> ./2all/${i}.fasta;
        else
            echo "There is no ${j}/${i}.faa!";
        fi
    done
done
上一篇下一篇

猜你喜欢

热点阅读