1. 下载 / 训练 物种注释分类器

wget  -O "gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza" \
 "https://data.qiime2.org/2019.4/common/gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza" 

或者

wget  -c  \
https://s3-us-west-2.amazonaws.com/qiime2-data/2020.8/common/gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza 

2.物种注释

time qiime feature-classifier classify-sklearn \
  --i-classifier ../gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \
  --i-reads rep-seqs-dada2.qza \
  --o-classification taxonomy.qza

gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza:物种注释分类器
taxonomy.qza: 物种注释结果。

3.可视化

qiime metadata tabulate \
  --m-input-file taxonomy.qza \
  --o-visualization taxonomy.qzv

taxonomy.qzv.PNG

4.可视化

接下来，我们可以用交互式条形图查看样本的分类组成。
使用以下命令绘图堆叠柱状图，然后打开查看。

qiime taxa barplot \
  --i-table table.qza \
  --i-taxonomy taxonomy.qza \
  --m-metadata-file sample-metadata.tsv \
  --o-visualization taxa-bar-plots.qzv

taxa-bar-plots.qzv: 交互式物种组成堆叠柱状图

taxa-bar-plots.qzv.PNG