单细胞测序单细胞

单细胞测序上游1-数据下载

2021-12-31  本文已影响0人  科研小徐

既往主要下载方法3种,wget、ascp,sra-tools(prefetch).
ascp:速度快
wget:不稳定
sra-tools(prefetch):官方工具,但速度慢
但在使用过程中发现ascp对于某些数据无法下载。

推荐EBI官网的另一下载工具ena-file-downloader

下载地址https://github.com/enasequence/ena-ftp-downloader
软件依赖ascp,java环境详见git官网说明自行安装
在github的releases页面中可下载软件

ena-file-downloader Github Releases页面
推荐下载带运行库的版本。基本运行环境安装后直接在Ubuntu中双击即可运行GUI版本的下载工具。

打开软件

选择Aspera下载模式

下载模式选择

对ascp环境进行配置,分别为ascp绝对路径地址,以及密钥文件位置
填好后save会对填入路径进行校验。

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设置下载路径及需要下载文件即可开始下载

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Email: xuran@hrbmu.edu.cn

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