做肿瘤

微卫星不稳定性

2021-02-01  本文已影响0人  小森的生统笔记

输入文件

  1. 第一列样品名称,第二列微卫星不稳定性打分
  2. 如果自己做下载Bam文件很大,可以用前人保留的文件
  3. 基因表达文件

脚本

  1. 读取表达文件和MSI文件,删除正常样品,两个文件取交集
  2. 相关性检验,对肿瘤类型进行循环,提取表达数据,MSI数据,转换为数值,进行spearman相关性检验,得到pvalue
  3. 把肿瘤名称与MSI相关系数和pvalue输出;pvalue可以带有显著性检验标星

雷达图

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