SRAtools下载NCBI原始测序数据

我是使用conda安装的这个软件，首先激活虚拟环境

conda activate download_raw_data

下载

prefetch SRR10193119

image.png

默认是保存在 ncbi 文件夹下

这样是sra格式的数据，还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq

fasterq-dump --split-files SRR10193119.sra 

image.png

下载的时候也可以指定数据类型

 prefetch --type fastq -O ./ SRR8502595

但是好像不管用，还是sra格式的数据
-O 指定下载文件的存储位置