之前遇到过hisat2-align exited with value 134，这次遇到了137。屏幕显示报错：

[W::sam_read1] Parse error at line 98545739
samtools sort: truncated file. Aborting

hisat2 log显示：

Killed
(ERR): hisat2-align exited with value 137

百度AI给出的解释是

hisat2-align exited with value 137
报错解释：
hisat2-align exited with value 137 表示 hisat2-align 程序异常退出，退出码 137 通常意味着该进程被信号 9 强制终止，即 SIGKILL。在 Unix 系统中，信号 9 表示有另一个信号或操作系统事件要求立即终止进程。
可能原因：
系统资源不足，如内存或磁盘空间不足导致操作系统强制终止进程以防止更严重的资源耗尽问题。
进程可能由于接收到非法内存访问或其他严重错误而被操作系统终止。
有可能是其他软件或系统管理操作导致 hisat2-align 被中断。
解决方法：
检查系统资源：确保系统有足够的内存和磁盘空间可供使用。
检查输入数据：确保输入数据的完整性和格式正确，避免文件损坏或格式错误导致的程序异常。
检查软件依赖：确保所有必要的软件依赖和库都已正确安装，并且版本兼容。
检查日志文件：查看 hisat2-align 的日志文件或系统日志，寻找更具体的错误信息。
重新运行：尝试重新运行程序，有时问题可能是临时的。
联系技术支持：如果问题持续存在，考虑联系软件的技术支持团队获取帮助。

再次运行，依旧报错，但报错line 行数却变了。
首先怀疑内存不足的问题，发现此次比对载入山羊基因组索引文件时，占用内存过多，12GB占满了。
解决方式：
1，升级内存；
2，不使用fastp过滤（有网友推荐）

Session information

计算机配置

处理器 Intel(R) Core(TM) i3-8100 CPU @ 3.60GHz 3.60 GHz
机带 RAM 12.0 GB (11.8 GB 可用)

运行命令

ls *1.clean.fq.gz|while read id;
do
hisat2 -t -p 2 -x /media/lzx/0000678400004823/Indexs/Hisat2/goat/Capra_hircus \
-1 $id -2 ${id%_*}_2.clean.fq.gz \
2>${id%%_*}.hisat2.log \
|samtools sort -@ 3 -o ${id%_*}_ht2p.bam
done