环境：

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版本：

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library(TCGAbiolinks)
> projects <- TCGAbiolinks::getGDCprojects()$project_id
> projects <- projects[grepl('^TCGA', projects, perl=TRUE)]
> projects

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测试一个下载，发现直接就有按照层次命名好的目录

query <- GDCquery(project = "TCGA-OV",
                  data.category = "Transcriptome Profiling",
                  data.type = "Gene Expression Quantification",
                  workflow.type = "STAR - Counts")#GDC在2022.3.28更新了，workflow.type只能选择STAR - Counts
GDCdownload(query)

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只支持star

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尝试全部下载到默认位置并使用默认命名

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有多种类型数据

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命名也很全

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临床数据

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直接下载的表达数据中就包含临床数据

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看重合

表达

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临床

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做生存分析时的参数选择：
vital_status
OS.time: 当患者dead时，days_to_death为OS.time；当患者alive时，days_to_last_follow_up为OS.time