作者：snail
审稿：童蒙
编辑：amethyst

介绍

Motif Discovery中还包括MEME-ChIP，可对ChIP-seq或CLIP-seq数据的DNA序列进行一系列的Motif分析。该方法整合了：
1、MEME&STREME功能，用以预测Motif（de novo Motif）；
2、CentriMo用以寻找输入序列中间区段内已知的Motif，适合ChIP-Seq数据检出峰所在序列上富集的已知 Motif；
3、通过工具Tomtom功能比较已知的motif进行相似性分析，并对重要的motif进行分组；
4、Spamo与CentriMo功能相似，也是对Motif进行富集；
5、FIMO功能旨在输出Motif在基因的位置信息。

MEME-ChIP具体参数可以使用默认值，或按需求更改。示意图如下：

结果解释

我们以网站Sample Output中MEME-ChIP example结果为例进行说明。

• 第一列为motif对应的sequence logo，点击可展开cluster内序列结果，首行为主要motif，其余为相似的Motif，cluster以及排序均参照E-value来进行，具体的原理可以点击“?”上查看；点击“CentriMo Group”可以跳转到完整的富集结果。
• 第二列为识别或富集Motif使用的软件。
• 第三列为Motif对应的E-value。
• 第四列为Tomtom比对得到的已知Motif，只显示前三个，点击可跳转到Tomtom结果界面（如下图）；展示与该Motif与已知Motif的sequence logo、显著性、overlap长度等，点击已知的Motif可跳转到JASPAR数据库（JASPAR - a database of transcription factor binding profiles (genereg.net)）【http://jaspar.genereg.net/】查看详细信息。
  
• 第五列为Centrimo分析得到的motif中最佳匹配序列的分布，图形中心的垂直线对应序列的中心，点击分布图，可跳转至CentriMo结果界面。
• 最后一列为SpaMo和FIMO软件的分析结果，其中GFF3文件为motif基因组上的位置信息；SpaMo（Motif间距分析）是以Cluster后的Motif作为primary Motif，找到在输入序列上在相对primary motif出现位置的特定距离处富集的de novo Motif和已知数据库中的Motif。
  
  该网页结果还会展示meme-chip以及每一步使用各套件的命令行参数。
  
  MEME Suite【https://meme-suite.org/meme/】就介绍这么多了，更多的结果和软件使用就留给爱探索的你吧~

参考资料

• Overview - MEME Suite (https://meme-suite.org/meme/doc/overview.html?man_type=web)