进化生物学数据库

物种信息网站

2023-06-07  本文已影响0人  LET149

0. NCBI-Taxonomy

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/?term=

NCBI-Taxonomy

BLAST+相关的重要信息:https://www.plob.org/article/9808.html

BLAST+时如果需要输出物种信息,则需要在建立Index时加入物种信息,则需要prot.accession2taxid, nodes.dmp, names.dmp三个文件:

下载网站:https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/
prot.accession2taxid : https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz
nodes.dmp + names.dmp : https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz

1. Species 2000

https://www.sp2000.org/

Species 2000

2. GBIF

https://www.gbif.org/

GBIF

3. TDWG

https://www.tdwg.org/

TDWG

4. ITIS

https://www.itis.gov/

ITIS
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