PCOA NMDS
2019-02-28 本文已影响0人
赵会成
非约束性排序分析，而RDA,CCA，db-RDA属于约束性分析
PCA采用欧氏距离
NMDS 依据排列顺序（rank order）来定义距离。
NMDS 的计算步骤：
1. 在多维空间中定义点的位置。
2. 确定降维后的维度（通常是2维）。
3. 在2维中定义点的初始结构。
4. 比较 2D 中点的距离与计算出来的距离的差异。
5. 确定stress值。
6. 确定最优的stress值后，矫正每个点在2D图的位置。
关于stress值：
stress值记录了NMDS排序分析的应力函数值，stress值表示了 2维空间中点的距离与多维空间中点的距离的差异。stress会不断优化直到找到最优的stress值。
Stress应力（%） 拟合优度
20 差
10 一般
5 好
2.5 很好
0 完美
RSQ一般要大于0.6.
