多组学联合分析 | 蛋白组学和代谢组学方法研究举一反三好思路
2018-12-20 本文已影响12人
上海鹿明生物
大豆叶片的多组学分析揭示乙烯和脱落酸处理后黄酮类和异黄酮类代谢的改变
基本信息
材料：大豆叶片
主要技术：非标记定量蛋白组
期刊：Proteomics
影响因子：3.532
文章摘要
植物激素是植物生长和发育的核心，为了更深入地了解乙烯（ET）和脱落酸（ABA）的影响，本研究整合蛋白质组学和代谢组学方法研究其在大豆叶片中的单个信号和组合（ABA+ET）信号传导。非标定量共鉴定到4129种蛋白质，包括在单一处理和组合处理中的1083种差异调节蛋白质。
蛋白质功能注释显示乙烯处理后与黄酮类和异黄酮类生物合成和MAPK信号传导途径相关的蛋白质丰度增加。HPLC分析显示ET处理后异黄酮的积累，与蛋白质组学结果一致。
代谢组学分析鉴定了79种代谢物，并进一步证实了响应ET的黄酮类和异黄酮类的积累。结果表明ET和MAPK信号传导之间可能存在交叉对话，从而导致大豆叶片中黄酮类和异黄酮类的积累。
方法流程
图 | 响应于激素处理的大豆叶片蛋白质组
图 | 鉴定蛋白的分布和聚类分析
图 | 鉴定代谢物分布
图 | 整合通路分析
小鹿点评
本文调研在植物激素刺激下大豆叶片蛋白质和代谢物的变化。通过对差异蛋白的分析发现上调蛋白富集在黄酮类和异黄酮类生物合成以及MAPK信号传导通路中，代谢组进一步证实了该结果。
本文研究思路较为简单，适合借鉴并进行举一反三类的研究，如对植物的某种刺激条件下，进行蛋白质组和代谢组的整合分析，揭示该刺激条件对植物的影响及其可能的机制。
文献来源
Gupta R. et al., A Multi-Omics Analysis of Glycine max Leaves Reveals Alteration in Flavonoid and Isoflavonoid Metabolism Upon Ethylene and Abscisic Acid Treatment. 2018, Proteomics.
