Python for Bioinformatics

Data types

数据类型

• 整数(int)

• 浮点数(float)

• 复数(complex)

• 字符串(str)

• 布尔值(bool)

  • True
  • False

• 空值 ( None )

容器类型

my_list = ['hello!', 'world']
my_tupple = ('hello!', 'world') 
my_dictionary= {'hi!' : 'hello!'  ,  '88' : 'Bye!' }
my_set = {'hello!', 'world'}

列表list [,]

• 列表是有序的。
• 列表里的元素，是可更改的。
• 列表里的元素类型，不限于 数字，字符串，也可以是列表，元组，字典，集合.

元组tuple (,)

• 元组是有序的。
• 元组里的元素，设置后，就不能更改里面的元素了。

字典dict { : , : }

{ key ：value }

• key : 不可变objects，如 字符串、数字、元组。

集合set { , }

• 可变

• 元素无序、不重复（可用来去重）

  
  python data types

Operations for sequences

Strings

• lower()
• replace(old,new[,count])
• count(sub[,start[,end]])
• find(sub[,start[,end]]) : 有匹配则返回position，无则-1
• index() :有匹配则返回position，无则 error
• split(sep [,maxsplit])
• join(seq)

List

Adding

• append(element)
• insert(position,element)
• extend([list])

Removing

• pop[index]
• remove(element)
• del list[index]
• copy : b = a[:]
  list

Common Properties of Sequences [list \ tuple \ strings]

Indexing : []

• 从0开始
• 负数代表从右开始

seqdata = (’MRVLLVALALLA’, 12, ’5FE9EEE8EE2DC2C7’) 
seqdata[0][5]
 ’V’

Slicing : :

• 切片（index for space）

  
  slicing index
  slice2

Membership Test : in

>>> point = (23, 56, 11)
>>> 11 in point True 
>>> my_sequence = ’MRVLLVALALLALAASATS’ 
>>> ’X’ in my_sequence 
False

Concatenation 连接

c()

len, max, and min

• len() returns the length (the number of items) of a sequence

Turn a Sequence into a List

To convert a sequence (like a tuple or a string) into a list, use the list() method:

>>> tata_box = ’TATAAA’ 
>>> list(tata_box) [’T’, ’A’, ’T’, ’A’, ’A’, ’A’]

Dictionaries

dic dictionary_view

Set

• inetrsection() : &
• union() : |
• difference() : -
• symmetric_difference : ^
  SET.method()

Reference

• Python中的数类型有哪些？ - 知乎 (zhihu.com)

• [Bassi - Python for Bioinformatics, Second Edition - Chapter 3]

  
  PY4BIO
• GitHub-Serulab/Py4Bio: Public data for the book Python for Bioinformatics (github.com) : 开源的书中的代码{ipynb}，如dictionary部分图片所示。