SYMBOL 与 ENTREZID转换

2021-02-18  本文已影响0人  Silver_42ac

访问NCBI ftp 下载数据
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/

gene2ensembl,gene2accession, gene2pubmed,gene2go以及
gene_info信息文件,它们的核心连接是gene的entrez ID号

人类的:
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Mammalia/Homo_sapiens.gene_info.gz

最主要的前几列

#tax_id     #物种编号9606 是人类
#GeneID  基因ID 最新的;所以用旧的ID 无法转换,可以尝试参考中方法或者爬虫
#Symbol   基因名
#LocusTag   别名

#tax_id GeneID  Symbol  LocusTag
9606    1       A1BG    -       A1B|ABG|GAB|HYST2477

参考:
NCBI的基因entrez ID相关文件介绍
基因 ID 和 Symbol 转换

上一篇 下一篇

猜你喜欢

热点阅读