RNA-seq上游分析（1）使用fastqc对原始数据进行质量评
2020-11-24 本文已影响0人
灵活胖子的进步之路
使用fastqc对原始数据进行质量评估
# 激活conda环境
conda activate trans
对合并后的文件进行批量治疗
# 使用FastQC软件对单个fastq文件进行质量评估，结果输出到qc/文件夹下
cd /media/zk/crlm/qc
qcdir=/media/zk/crlm/qc
fqdir=/media/zk/crlm/CRLM_RNAseq/Result-P101SC18100875-01-J014-B14-21/cleanall
fastqc -t 16 -o $qcdir $fqdir/31-AC-WBC_FRAS202378781-1r_1.clean.fq.gz
# 多个数据质控
fastqc -t 16 -o $qcdir $fqdir/*.clean.fq.gz
# 使用MultiQc整合FastQC结果
multiqc *.zip
