排序

从vcf文件排序开始，可以使用picard，也可以使用vcftools 的vcf-sort

vcf转换为ped和map文件

将vcf文件转化为plink识别的格式也是借助vcftools工具:
vcftools --vcf file.vcf --plink --out file_prefix

将 plink文件进行排序，而且还可以将bed二进制文件转化为ped格式
plink --bfile AA --recode --out BB

得到hmp文件

将ped\map文件转化为hmp格式的文件：
run_pipeline.pl -fork1 -plink -ped plink_sort.ped -map plink_sort.map -export test -exportType Hapmap -runfork1

参考：
GWAS分析中的格式转化vcf-ped-hmp
Tassel_Pipeline_Tutorial20160330.pdf
Tassel5PipelineCLI.pdf
Tassel学习笔记