NCBI上传测序数据

 

   越来越多的小伙伴即将要投出人生中的第一篇paper了，万事具备却被SCI的期刊要求公开自己的测试原始数据，并提供数据的登陆号（也就是SRA号）给难住了，急的茶不思饭不想还睡不着觉。想尝试自己上传却害怕自己上传出错与paper擦肩而过。还好，店小二已经帮助过很多客户和粉丝上传过测序数据了，在这我就详细的带大家走一遍上传流程。

 

一、注册NCBI账号并登录

点击图片标红色地方登录，按提示用邮箱进行注册即可，注册好之后进行登录

ncbi
登录界面

二、进入数据上传页面，选择SRA数据库 点击Submit，接着点击New submission

SRA数据提交 New submission

第1步：填写一些个人基本信息，点击Continue

基本信息

第2步：填写一些General Information，点击Continue

注意！：确定是否已新建 Bioproject、Biosample 及数据释放时间（由于 NCBI 的页面会不定期更新，请老师仔细阅读选项内容进行选择，此处选择没有 Bioproject、Biosample, 并设定数据释放日期），Continue 下一步

General Information

第3步：填写一些和数据相关的一些项目信息（标题和描述），带*必须填写，Continue 下一步

第4步：选择物种类型（这里以动物为例），Continue 下一步

物种类型

第5步： 完善BioSample attributes：可以在线编辑表格（推荐），也可以下载编辑后上传，Continue 没有报错即可（有报错仔细阅读报错原因，这里经常发生报错），下一步

BioSample attributes

第6步：填写SRA Metadata数据（类似上面，可以在线编辑也可下载表格后编辑），Continue 没有报错即可下一步

SRA Metadata

第7步：上传数据（把所有的fastq数据放到一个目录下，方便上传）

1. 有两种方式可供选择：①网页http上传（不推荐，上传慢容易挂掉）②软件Aspera上传（推荐用Linux版本）具体安装下载可参考：https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/171/ 安装成功后参考下图在Linux后台进行提交

ascp -i /mnt/nas1/wanghw/project/SRA_data/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d /mnt/nas1/wanghw/project/SRA_data/rawdata subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/wanghao6120_163.com_ulPhxtpj

aspera.openssh ：可以通过点击网页Get the [key file] 得到

2. 提交运行之后可以通过点击Select preload folder 查看上传进度（一般运行20分钟大致有数据成功后上面才显示，刚运行不显示）

第8步：检查信息填写是否正确并进行提交

   如果没有报错，上传成功的数据大小和您的数据大小一样，那么恭喜！提交。

第9步：审核

   提交之后会收到邮件反馈，之后可获得BioProject number和BioSample number。

   之后进入审核状态，但审核时间可能较长。

第10步：查询

    审核通过后，会收到邮件反馈，获得SRA登录号，该账号即可写入文章。