对peak进行功能注释的GREAT
GREAT是一款peak区间进行基因注释的工具，除了给出peak对应的基因外，还集成了多种基因的功能分析，网址如下
目前该在线工具只支持以下几个物种
- Human
- Mouse
- Zebrafish
在使用时，还需要注意对应的基因组版本。用法比较简单，选择对应的基因组版本，然后上传对应的BED格式的peak文件即可，示意如下
上传界面
结果展示如下，给出了peak关联基因的个数和TSS距离的频数分布柱状图
peak关联基因情况
除此之外，还给出以下多种基因的功能分析
- GO Molecular Function （GO的分子功能）
- GO Biological Process （GO的生化过程）
- GO Cellular Component （GO的细胞组成）
- Mouse Phenotype （小鼠表型）
- Human Phenotype （人类表型）
- Disease Ontology （疾病本体）
- MsigDB Cancer neighborhood （MsigDB癌症相关）
- Placenta Disorders （胎盘障碍）
- PANTHER Pathway （PANTHER通路）
- BioCyc Pathway （BioCyc通路）
- MsigDB Pathway （MsigDB通路）
- MGI Expression （MGI表达）
- MgisDB Perturbation （MsigDB扰动）
不同于传统的费舍尔精确检验，功能富集分析的p值是基于二项分布的计算得到的，计算过程如下所示
以GO中BP这一类别的功能注释结果，示意如下：
BP rich
以GO中CC这一类别的功能注释结果，示意如下：
CC rich
以GO中MF这一类别的功能注释结果，示意如下：
MF rich
通过GREAT可以方便的对peak关联的基因功能进行探究。
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