数据库汇总-2
一、TCGA相关数据库
| 数据库名 | 网址 | 备注 |
|---|---|---|
| 计算机 | $1600 | 5 |
| 手机 | $12 | 12 |
| 管线 | $1 | 234 |
| 数据库名 | 网址 | 备注 |
|---|---|---|
| TCGA-GDC | https://portal.gdc.cancer.gov/ | TCGA官网 |
| GEPIA | http://gepia.cancer-pku.cn/ | 北大Zhang lab-Zefang Tang开发，包含TCGA和GTEx 的9736个肿瘤和8687个正常对照样本的RNA-seq数据。 |
| TANRIC | https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html | MDAnderson开发的ncRNA的TCGA分析数据库(20种癌症) |
| cBioPortal | http://www.cbioportal.org/ | 只针对mRNA。可以分析MUT（Mutation突变），CNA(Copy Number Alterations,拷贝数变化），EXP（mRNA Expression，mRNA表达）和PORT/RPPA（Protein/ phosphoprotein level，蛋白表达或磷酸化变化） |
| CCLE | https://portals.broadinstitute.org/ccle | 癌细胞基因百科全书：1457个细胞系、84434个基因，表达&突变&甲基化等信息 |
| TCPA | https://tcpaportal.org/tcpa/ | The Cancer Proteome Atlas，蛋白版TCGA |
| CRN-Cancer RNA-Seq Nexus | http://syslab4.nchu.edu.tw/index.jsp | The CRN database 包括40种肿瘤、89个肿瘤测序数据、325个表型数据、12167个样本，采用的是GENCODE release 21（包括93,139 protein-coding and 26,414 lncRNA transcript sequences） |
| WebMEV | http://mev.tm4.org/#/welcome | 可上传数据或下载TCGA或GEO数据 |
| DriverDBv2 | http://driverdb.tms.cmu.edu.tw/driverdbv2/index.php | 肿瘤驱动基因查询 |
二、外泌体相关数据库
| 数据库名 | 网址 | 备注 |
|---|---|---|
| EVpedia | http://student4.postech.ac.kr/evpedia2_xe/xe/ | 韩国项浦大学，需要注册。包含高通量研究168例，高通量数据263个，分子数据172080个，文献6879篇，主要调查中3336人；汇总了不同囊泡研究（包括外泌体）中发现的蛋白，mRNA，miRNA，脂类，代谢产物；除此之外，其还提供一款分析工具，可用于如检索和浏览囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的网络分析，同时，胞外囊泡研究的相关文献在本数据库中列出。 |
| ExoCarta | http://www.exocarta.org/ | ExoCarta主要关于外泌体蛋白、RNA、脂质体的手工数据库，收录了包括人、大鼠、小鼠、绵羊、豚鼠、果蝇、马、穴兔、牛、在内的几个物种的286个研究结果；涉及到不同组织器官来源的外泌体中的有9769个蛋白（纳入41860个），3408个mRNA（纳入4946个），2838个miRNA，脂质体1116个，最新更新时间为2016年09月12日。 |
| exoRBase | http://www.exorbase.org/ | 复旦大学黄胜林教授，人血液中外泌体RNA数据库，包含7个实验的92个RNA-seq样本，58,330个circRNA，15,501个lncRNA,18,333个mRNA。收录的样本包括健康对照者32例，冠状动脉心脏疾病（CHD）6例，结肠癌（CRC）12例，肝细胞癌（HCC）21例，胰腺腺癌（PAAD）14例，乳腺癌2例。 |
| Vesiclepedia | http://www.microvesicles.org/ | Vesiclepedia 一个胞外囊泡分子数据（脂质、RNA和蛋白质）的手工检索工具库，包含41个物种的1254份研究的349,988个蛋白、27,646个mRNA、10,520个miRNA，639个脂质条目，还可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索，最新更新时间为2018年8月15日。 |
| EVmiRNA | http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/browse | Extracellular Vesicles miRNA Database。华中科大Guo lab，包括462 smRNA sequencing datasets of EVs from 17 tissues/diseases. |
| exRNA Atlas | http://exrna-atlas.org/ | ERCC联盟的数据库，有6627个data。The exRNA Atlas is the data repository of the Extracellular RNA Communication Consortium (ERCC). The repository includes small RNA sequencing and qPCR-derived exRNA profiles from human and mouse biofluids. |
| mirandola | http://mirandola.iit.cnr.it/ | 目前收录的miRNA较多，但lncRNA和circRNA非常少。miRandola is a comprehensive manually curated classification of different extracellular circulating non-coding RNA types.Now, we have updated the database with 314 papers! We are starting to add more RNA molecules such as lncRNAs and circRNAs. |
| Genboree | http://genboree.org/site/exrna_toolset/ | 外泌体测序数据在线分析。The Genboree exRNA Toolset provides a web-based environment to conduct bioinformatics analyses on extracellular RNA profiling data |
| exRNA Portal | https://exrna.org/resources/protocols/ | 外泌体各种实验protocol原文献 |
| exRNA Porta | https://exrna.org/ | NIH外泌体研究查询 |
| exRNA Porta | https://commonfund.nih.gov/exrna | NIH胞外RNA研究 资助项目查询、会议资讯等 |
| Portal:ExRNA | https://www.wikipathways.org/index.php/Portal:ExRNA | 外泌体RNA相关的pathway。This portal highlights pathway content relevant to the extracellular RNA research community. |
| Urinary Exosome Protein Database | https://hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/ | 不是很新，只有尿液的外泌体蛋白信息。This database of urinary exosome proteins is based on published protein mass spectrometry data from the NHLBI Epithelial Systems Biology Laboratory (ESBL). Current Database Size: 1160 proteins. |
| Exosome Gene Ontology Annotation Initiative | https://www.ebi.ac.uk/GOA/EXOSOME | EBI-Uniprot维护，外泌体蛋白功能注释 |
三、miRNA相关数据库
数据库名 网址 备注
miRBase http://www.mirbase.org/ miRNA最权威数据库
miRToolsGallery http://mirtoolsgallery.org/miRToolsGallery/ A database provides the following services: (a) Search，(b) Filter and (c) Rank the miRNA tools
miRWalk http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/index.html 功能较全，可下载数据
TargetScan http://www.targetscan.org/ 靶标分析，比较常用
miRanda http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz 靶标分析，可下载本地运行
StarBase http://starbase.sysu.edu.cn/ 中山大学开发，2018已更新到V3.0，23个物种，数百个数据集，数百万种互作关系对，包括ceRNA等
ChIPBase http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 靶标分析
Tarbase http://microrna.gr/tarbase/ 靶标分析
miRecords http://mirecords.biolead.org/ 靶标分析
PicTar http://pictar.mdc-berlin.de/ 靶标分析
RNAhybrid https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid 靶标分析
PITA http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/ 靶标分析
RNA22 http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/ 靶标分析
microRNA.org http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/ 靶标分析
Microcosm http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ 靶标分析
miRTarBase http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
靶标分析
MirGator v2.0 http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/ 靶标分析
miRNAMap http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ 靶标分析
miRDB http://mirdb.org/miRDB/ 靶标分析
miRNAMap http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/ 靶标分析
miRGen http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/ 靶标分析
StarScan http://mirlab.sysu.edu.cn/starscan/ 基于降解组测序数据（植物）
piRNApredictor http://59.79.168.90/piRNA/index.php 预测piRNA序列信息
piRNABank http://pirnabank.ibab.ac.in/ 收录最全面piRNA序列信息
Noncoding RNA database http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/ 来自于细菌、古生菌和真核生物等99个物种的30 000个不同的非编码RNA。
四、lncRNA相关数据库
一、序列查找
LNCipedia https://lncipedia.org/ 一个已注释的人类lncRNA转录本序列和结构数据库。
NONCODE http://www.noncode.org/ 最常用
LncRBase V2.0 http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/index_download.html
lncrnadb http://www.lncrnadb.org/
LNCipedia Expert Database https://rnacentral.org/expert-database/lncipedia 数据来源于lncipedia，可进行API分析
NRED http://jsm-research.imb.uq.edu.au/NRED 人类和小鼠中数以千计的长非编码RNAs的基因表达信息
ncFANs http://www.ebiomed.org/ncFANs/ 在线预测与注释人、小鼠等物种中长非编码RNA的在线服务器，它利用对芯片数据进行重注释，并预测ncRNA的功能。
Annolnc http://annolnc.cbi.pku.edu.cn/index.jsp 人的lncRNA功能分析
NCBI-gene https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene mRNA和lncRNA都可以查
Ensembl http://asia.ensembl.org/index.html mRNA和lncRNA都可以查
PNRD http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD/ 中国农大苏震lab，植物ncRNA数据库：including 25,739 non-coding RNA records, including miRNAs，lncRNAs, tRNA, rRNA, tasiRNA, snRNA and snoRNA, etc.
二、靶标分析
RBPDB http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/ 靶标蛋白，RNA等分析
Tarbase http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=tarbase/index 靶标蛋白，RNA等分析
starbase V3.0 http://starbase.sysu.edu.cn/ 靶标蛋白，RNA等分析
CHIPBase v2.0 http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/ 10个物种，基于约10200份CHIP-seq数据分析lncRNA、miRNA、其他ncRNA，mRNA互作关系；及约20000份RNA-seq进行共表达分析
RegRna2.0 http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/ 查询可变剪切，及位点，靶标分析，cis-调控原件等
TargetscanHuman7.1 http://www.targetscan.org/vert_71/ 靶标miRNA分析
DIANA-LncBase http://carolina.imis.athena-innovation.gr/index.php?r=lncbasev2 实验验证的和计算预测的长链非编码RNA上的microRNA靶点
catRAPID http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group lncRNA-蛋白互作预测
三、疾病相关
LncRNAdisease http://www.cuilab.cn/lncrnadisease
ncRDeathDB2.0 未公开， http://www.rna-society.org/ncrdeathdb/index.php miRNA有4370个，lncRNA230个，snoRNA有12个
LDAP 软件包，需下载http://www.lncrnablog.com/ldap-a-web-server-for-lncrna-disease-association-prediction/ 疾病相关
DES-ncRNA http://www.cbrc.kaust.edu.sa/des_ncrna/home/index.php 疾病与潜在药物靶点（lncRNA和miRNA）
lncRNABlog http://www.lncrnablog.com/ldap-a-web-server-for-lncrna-disease-association-prediction/ 疾病相关
Linc SNP2.0 http://210.46.80.146/lincsnp/search.php 疾病相关，SNP分析
四、亚细胞定位及编码能力分析
lncLocator http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/ 亚细胞定位分析
RNAlocate http://www.rna-society.org/rnalocate/ 亚细胞定位分析
CPC http://cpc.cbi.pku.edu.cn/ 编码能力分析
CPAT http://lilab.research.bcm.edu/cpat/index.php 编码能力分析
miRFold web server http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi 预测RNA 二级结构
五、circRNA相关数据库
一、序列查找
circBase http://www.circbase.org/ 德国柏林，矛尾鱼，人（9.6万条），小鼠，线虫，果蝇
circBank http://www.circbank.cn/ ≥140,000人的circRNA，靶标miRNA分析，编码能力分析，保守性及RNA修饰
circRNADB http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php 包含32,914个外显子circRNA，人，互作分析
CIRCpedia V2 http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/ 杨力和陈玲玲研究组开发，是针对circRNA可变剪切和反向剪切的数据库
circRNA_finder https://omictools.com/circrna-finder-tool#tool-reviews 基于STAR进行RNA-seq数据中circRNA反向剪切位点（＜100bp）查询
二、靶标分析
CircNet http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/ 台湾国立交通大学的研究人员对464个样本的RNA-seq数据系统地整理挖掘后建立的数据库，它提供了新circRNAs的鉴定；整合circRNA-miRNA-mRNA的互作网络；circRNA亚型的表达水平；circRNA亚型的基因组注释；circRNA亚型的序列
RegRna2.0 http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/ 查询可变剪切，及位点，靶标分析，cis-调控原件等
deepBase 2.0 http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/ 该数据平台收集了约18000个small RNAs、36万个lncRNAs和大约10万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等19个物种），并构建了全面的ncRNA的表达网络，ceRNA预测
TargetscanHuman7.1 http://www.targetscan.org/vert_71/ 靶标miRNA分析
circinteractome https://circinteractome.nia.nih.gov/ 需通过circBase的ID号进行预测靶标蛋白和miRNA，circRNA引物设计
starbase http://starbase.sysu.edu.cn/ 靶标miRNA，蛋白分析，基于CLIP-seq数据，ceRNA预测，RBP疾病分析，癌症分析等
三、编码能力分析、亚细胞定位、组织特异性等
CircPro http://bis.zju.edu.cn/CircPro/ 基于RNA-seq或者Ribo-seq数据
TSCD http://gb.whu.edu.cn/TSCD/ circRN组织特异性表达分析数据库，人和小鼠
四、疾病关联性
circRNA disease http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ 共收集了354项研究中共汇总了330种circRNA和48类疾病，收集日期截止于2017年11月份
CSCD http://gb.whu.edu.cn/CSCD 武汉大学，肿瘤特异性circRNA数据库，预测RBP，ORF，亚细胞定位，可变剪切等
Circ2Traits 未开放使用，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24339831 与疾病和性状潜在相关的环状RNA综合数据库
五、植物相关数据库
plantcircbase http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/ 序列，宿主基因，结构等
PcircRNA_finder 暂未开放使用，https://www.rna-seqblog.com/pcircrna_finder-circrna-prediction-in-plants/ 植物circRNA预测
六、lncRNA-circRNA共有一个转录本分析
circlncRNAnet http://app.cgu.edu.tw/circlnc/
lncRNome
https://omictools.com/lncrnome-tool
CircNet http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/ 台湾国立交通大学的研究人员对464个样本的RNA-seq数据系统地整理挖掘后建立的数据库，它提供了新circRNAs的鉴定；整合circRNA-miRNA-mRNA的互作网络；circRNA亚型的表达水平；circRNA亚型的基因组注释；circRNA亚型的序列
circRNADb http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php
六、ceRNA数据库
starbase V3.0 http://starbase.sysu.edu.cn/ 中山大学，已更新到3.0版，数据非常丰富
circlncRNAnet http://app.cgu.edu.tw/circlnc/ 台湾长庚医院，需要上传数据进行分析
circnet http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/
miRSponge http://www.bio-bigdata.net/miRSponge/ The experimentally validated miRSponge database (miRSponge) recorded 599 sponge-miRNA interactions and 463 ceRNA associations in 11 species
linc2GO http://www.lncrnablog.com/linc2go-a-human-lincrna-function-annotation-resource-based-on-cerna-hypothesis/ 需下载软件
GDCRNATools http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GDCRNATools/inst/doc/GDCRNATools.html#case 需下载，需R语言操作
POSTAR2 http://lulab.life.tsinghua.edu.cn/postar/index.php 蛋白-RNA互作研究
cefinder/ceRDB https://www.oncomir.umn.edu/cefinder/
mircords http://mirecords.biolead.org/
七、其他数据库
NCBI-gene https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene 最全面最权威
genecards https://www.genecards.org/ 非常全面的基因百科数据库，跟NCBI并列双子星
biogps biogps.org 可以查到基因在哪些数据集、是否在外泌体数据库收录等等，非常多的功能。
UCSC http://genome.ucsc.edu/ 包含多个重要物种基因组草图，与ENCODE同步更新
DAVID http://david.abcc.ncifcrf.gov/tools.jsp 功能富集分析
string http://string-db.org/ 蛋白互作查询+功能富集分析
malacards https://www.malacards.org/ 疾病相关基因查询
GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds 芯片数据库
SRA https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ 测序数据库
ArrayExpress https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ 欧洲版GEO
BioVenn http://www.biovenn.nl/index.php 在线维恩分析
Venn http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 在线维恩分析
Venny2.1 http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/ 在线维恩分析
STEM http://www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/ 时间序列趋势分析
GSEA http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp 功能富集分析
