SRAtoolkits: fastq-dump

将下载的SRA文件转换成fastq或者fasta文件

1. 普通双端拆分

fastq-dump --split-files filename.sra

将SRA文件转换成R1和R2两个fastq文件，R1是Barcode+UMI，R2是RNA序列

2. 普通单端拆分

fastq-dump --split-3 filename.sra

3. 以.gz格式保存fastq文件

fastq-dump --gzip --split-files

4. 报错及解决

4.1 报错一

Rejected 20042 READS because READLEN < 1
.sra文件中其中有些read的长度为0，而在拆分.sra文件时会有一个-M的参数设置，这个参数规定了read的最少length，默认参数为1；在-M为默认参数下，length为0的read会被去除，单端测序在这种情况下只会减少一些数据量，其他没有影响；双端测序在这种情况下由于两端测序数据中length为0的read不一样，从而导致双端测序read不能对齐，导致下游数据分析失败

• 1. 解决方案：添加 -M 0参数
• 2. 解决效果：长度为0的行被保存，@开头和+开头行与其他read相同，序列行和测序质量行依然存在，不过没有任何值