TCGA数据挖掘之基因表达差异分析(视频教程)
关于TCGA数据库的教程,前期我们已经推出了一些文章:
【3】TCGA数据挖掘(一):TCGAbiolinks包介绍
【10】TCGA数据挖掘(六):WGCNA(加权基因共表达网络分析)
这次,我们推出了TCGA数据挖掘之基因表达差异分析的视频教程,来弥补之前文章的不系统和缺陷。这门课程需要有一定的R语言基础,熟悉TCGA数据库,可以先通过前面的文章【1】了解该数据库的使用教程。
课程主要内容包括:数据下载、数据整理、数据融合、基因ID转换和表达差异分析。
课程内容:
TCGA数据挖掘之基因表达差异分析
一.数据下载
1. 官网在线下载
2. 官网下载工具下载
3. R语言TCGAbiolinks包下载
二. 数据的整理
1. 移动文件2. 解压文件3. 处理json文件
三. 数据融合
四. ID转换
通过gtf文件进行基因ID转换
五. 表达差异分析
1.利用edgeR包2.利用DESeq2包
差异表达分析我们利用DESeq2和EdgeR包,其实在我们前面基因芯片数据挖掘序列文章中都已介绍,如果你能从TCGA得到原始的Counts表达矩阵文件,能利用DESeq2和EdgeR包进行差异表达分析,可以不考虑本视频教程,本视频的第5部分内容和下面文章(七)和(八)一样,只是矩阵文件不一样。所以考虑清楚。
基因芯片数据分析(八):DESeq2差异分析实战案例视频价格只需要9.9元,也就一杯奶茶钱,也是给我一点辛苦费,鼓励我出更多的教程,如果感觉有需要,扫码购买,如果二维码失效,点击阅读原文购买。

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https://m.qlchat.com/live/channel/channelPage/2000007901834063.htm
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