SPAdes、SRA toolkit安装2023-02-17

SPAdes
https://github.com/ablab/spades

SPAdes 安装

wget http://cab.spbu.ru/files/release3.15.5/SPAdes-3.15.5-Linux.tar.gz
tar -xzf SPAdes-3.15.5-Linux.tar.gz
cd SPAdes-3.15.5-Linux/bin/
./spades.py -h

SRA Toolkit 安装

SRA Toolkit
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki

现在SRA数据库提供两种格式的文件一种是SRA Normalized，这是原来就有的格式，这种格式下载后就是一个用run号命名的文件。另一种格式是SRA Lite，这个是新出的格式，通过新的碱基质量记录方式减少了文件储存大小，下载后结尾会有.sralite。.sralite.1的拆分使用需要使用 2.11.2 以上的SRA toolkit。

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.2/sratoolkit.3.0.2-ubuntu64.tar.gz
#或者
wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz

tar -xzf sratoolkit.3.0.2-ubuntu64.tar.gz
tar -xzf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz #这个解压出来居然是sratoolkit.2.11.2-ubuntu64

我这网络太差了，最后还是使用迅雷，玩它的游戏给了我一天的白金会员。真猛啊

image.png

cd /Apps/sratoolkit.3.0.2-ubuntu64/bin
./fastq-dump -h

都是解压就可以使用太方便了