【R】加速你的R代码

背景

最近在做项目，对不同文件夹下的sas文件进行整合。

发现文件太多，合并效率非常低，于是请教了一下同事常用的一些加速方法；

待优化的步骤

1.读取数据过程

读入数据过程选取特点列，再进行下游操作，这样一定程度上可以提速（影响不太大）

read_sas(data_file, col_select = NULL )

2.循环优化（for循环）

需要提前创建空表。循环进行写入；

• foreach + doParallel 多核并行方案

library(foreach)
library(doParallel)

#registerDoParallel(no_cores)也可以
registerDoParallel(makeCluster(no_cores))

• foreach()函数需要%dopar%命令并行化程序

#输出向量设置.combine = c
foreach(exponent = 1:5, .combine = c)  %dopar%  base^exponent

[1]   3   9  27  81 243

#输出矩阵设置.combine = rbind
foreach(exponent = 1:5, .combine = rbind)  %dopar%  base^exponent

         [,1]
result.1    3
result.2    9
result.3   27
result.4   81
result.5  243


#输出列表设置.combine = list
foreach(exponent = 1:5, .combine = list, .multicombine=TRUE)  %dopar%  base^exponent

[[1]]
[1] 3

[[2]]
[1] 9

[[3]]
[1] 27

[[4]]
[1] 81

[[5]]
[1] 243

#输出数据框设置.combine = data.frame
foreach(exponent = 1:5, .combine = data.frame)  %dopar%  base^exponent
  result.1 result.2 result.3 result.4 result.5
1        2        4        8       16       32

#关闭集群
stopImplicitCluster()

3.mclappy加速

适合管道思路，一直往下写；

all_data <- mclapply(
1:length(all_ds_name) %>% set_names(all_ds_name),
function(i) {
read_sas(
str_glue('{folder_rawdata_snap}/{all_ds_name[i]}.sas7bdat'),
col_select = c(
project, Site, StudySiteNumber, Subject, InstanceName, DataPageName, RecordPosition, MinCreated,
instanceId, Folder
)
)
},
mc.cores = 8, mc.preschedule = F
)

4.purrr::map 家族函数

• map(.x, .f, ...)：返回值为列表
• map_lgl()、map_int()、map_dbl()、map_chr()：返回特定数据类型的向量，在使用map_int()时需要注意数据类型的自动提升问题
• map_dfc()、map_dfr()：对数据进行col_binding、row_binding得到数据框

mtcars %>%
  split(.$cyl) %>%
  map(~ lm(mpg ~ wt, data = .x)) %>% 
  map_dfr(~ as.data.frame(t(as.matrix(coef(.)))))

# 返回值
    (Intercept)        wt
  1    39.57120 -5.647025
  2    28.40884 -2.780106
  3    23.86803 -2.192438

5.分组或排序过程

• group_by 或 arrage 比较多变量，分组较多很慢，dtplyr加速

query_posting_delay_query_detail <- query_detail %>%
select(Study, SiteName, StudyEnvironmentSiteNumber, SubjectName, Folder, Form, Field, `Log#`, MarkingGroupName, QryOpenDate, Name) %>%
filter(!(Name %in% c('Cancelled'))) %>%
filter(!(MarkingGroupName %in% c('Site from System'))) %>%
mutate(QryOpenDate = as_date(mdy_hms(QryOpenDate))) %>%
# use data.table for faster group summarize: 479.858 -> 0.112 seconds, under 95008 groups
lazy_dt() %>%
group_by(Study, SiteName, StudyEnvironmentSiteNumber, SubjectName, Folder, Form, Field, `Log#`, MarkingGroupName) %>%
summarise(QryOpenDate = min(QryOpenDate, na.rm = T)) %>%
ungroup() %>%
as_tibble()

欢迎评论交流~

参考：

https://www.jianshu.com/p/c498c9d4cfaf

https://d.cosx.org/d/420387-r-for

http://showteeth.tech/posts/57211.html