使用R语言绘制热图：R包pheatmap的全参数详细介绍

pheatmap参数：

mat

• 数组矩阵（要绘制热图的数据源，保证数据是numeric类型）

color

• 热图的颜色选择
• 默认：colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name ="RdYlBu")))(100)

break

• 用来定义数值和颜色的对应关系。可以将特定颜色和特定数值关联，如果NA则自动进行计算。如果颜色超过值的范围，超过阈值的会使用和阈值一样的颜色。
• 默认：NA

border_color

• 热图的单位元素的描边颜色，NA表示不描边
• 默认：“gray60”

cellwidth

• 热图单位元素（cell）的宽度，NA表示依据窗口自动调整
• 默认：NA
• cellheight同

scale

• 数值标准（scale）化，可以是“row“,”column“,”none“
• 默认：“none”

cluster_rows

• 用布尔值来判定行元素是不是应该被clustered or clust object。
• 默认：TRUE
• 同理，cluster_cols决定是否应该把列clust

clustering_distance_rows

• 计算类间距的方式，
• 默认：“euclidean”（欧式距离）
• clustering_distance_cols同理

clustering_method

• cluster的途径方法（method）
• 默认：“complete”

clustering_callback

• 默认：identity2

cutree_rows

• 如果使用了对行的集群，则可以指定集群个数（基于hclust），如果未使用对行集群则忽略
• 默认：NA
• cutree_col同理

treeheight_row

• 行集群树的高度
• 默认：(50point)

legend

• 图例是否显示
• 默认：TRUE

legend_breaks

• 图例是否断点标注
• 默认：NA

legend_labels

• 图例的标题
• 默认：NA

annotation_row

• 是否对行进行分类注释
• 默认：NA
• annotation_col同理

annotation

• deprecated parameter that currently sets the annotation_col if it is missing
• 默认：NA

annotation_colors

• 指定注释条的颜色。
• 默认：NA

annotation_legend

• 布尔值表示是否显示注释条的图例
• 默认：TRUE

annotation_names_row

• 布尔值表示是否在图例上显示注释名称
• 默认：TRUE
• annotation_names_col同理

drop_levels

• 是否在图例显示unused levels
• 默认：TRUE

shown_rownames

• 是否显示行名
• 默认：T

shown_colnames

• 是否显示列名
• 默认：T

main

• 图表主标题
• 默认：NA

fondsize

• 图表字体大小
• 默认：10

fontsize_row

• 行标题的字号
• 默认：fondsize
• fontsize_col同上

angle_col

• 列标签的角度，可以选择0，45，270，315

display_numbers

• 是否在单位元素（cell）内显示数字
• 默认：F

number_format

• 显示在cell内的数字格式，例如%.2代表两位小数%.1e表示指数形式...参见C语言printf函数格式
• 默认：%.2f

fontsize_number

• 限制在Cell内的数字大小
• 默认：0.8*fontsize

gaps_row

• 当行未进行集群分析时，指示再哪里查处gap空隙
• 默认：NULL
• gaps_col同理

labels_row

• 使用行标签代替行名
• 默认：NULL
• labels_col同理

filename

• 保存的路径和文件名。支持png、pdf、tiff、bmp、jpeg
• NA

height

• 输出的图片都高度，单位：inches
• 默认：NA
• width同理

silent

• 不要画出图像（在gtable导出适用）
• FALSE

na_col

• 对NA值对应的cell填充特定颜色
• 默认："#DDDDDD",...

例子

pheatmap(log2(FPKM +1),cluster_rows = FALSE,cluster_cols=T,show_rownames = F,main = "Heatmap of FPKM",scale="row")

解读：

• 数据：FPKM数值矩阵的log2转换后的矩阵
• cluster_rows=FALSE:不对行进行集群分析
• cluster_cols=T：对列进行集群分析
• main = "Heatmap of FPKM"：主标题

• scale="row"：对行进行标准化
  图片展示：

  
  example