1、R语言镜像设置

options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

• 关于如何设置默认镜像：https://www.jianshu.com/p/9940fb1864c3

2、下载测序数据

2.1 prefetch下载SRA格式

• sra-tools软件的prefetch命令，后面直接接SRA文件的SRR号即可

prefetch SRR***********

• 这种下载方式速度不太稳定，有时很慢或者直接下载失败

2.2 ascp下载fastq.gz格式

• aspera-cli软件的ascp命令，下载速度比上面的方法快多了；
• 首先根据SRR号，在EBI网站查找下载链接(如下，可观察到一定的规律性)，然后套用下面代码下载即可。
  https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR11618713
  https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR11618726
  https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR11618727

cat > ascp.link
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR116/013/SRR11618713/SRR11618713_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR116/013/SRR11618713/SRR11618713_2.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR116/026/SRR11618726/SRR11618726_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR116/026/SRR11618726/SRR11618726_2.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR116/027/SRR11618727/SRR11618727_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR116/027/SRR11618727/SRR11618727_2.fastq.gz

cat ascp.link |while read sample
do
ascp -QT -l 300m -P33001  \
-i ~/miniconda3/envs/GATK/etc/asperaweb_id_dsa.openssh   \
era-fasp@$sample  .
done

3、 Linux文件的解压

• tar.gz

tar -zxvf  ******.tar.gz

4、linux后台运行R脚本

• 一般linux后台运行命令，使用nohup <command> & 组合即可，可参考之前的linux学习笔记；
• 如果想在Linux后台运行R脚本----
  （1）首先需要设置R脚本的第一行格式#! /usr/bin/env Rscript。例如

#! /usr/bin/env Rscript
for(i in 1:100){
  print(i)
}
#保存名为linux_behind.R的脚本文件

（2）然后在控制台输入nohup Rscript <script.r> &命令即可。例如

nohup Rscript linux_behind.R &