如何计算遗传相关（How to）

Q1

植物或林木育种中，我的数据类型包括基因型（品种），地点（环境），重复（或者无重复），还有一系列性状，比如株高、产量等等，我怎么计算性状间的遗传相关，并且给出显著性？

示例数据

数据描述：location为地点，Genotype为基因型，Rep为重复，DWKPlant, DWKEar, TW, KDM, TKW为性状，想要计算这5个性状之间，两两的遗传相关和表型相关，并给出显著性

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常见误区

直接计算表型值的相关系数r，r这里并不是遗传相关和表型相关，而只是性状间的相关系数

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正确做法

首先要运行多性状模型，计算性状间的遗传协方差组分（Gcov12）和遗传方差组分（G11，G22）

图中，黄色的表示方差组分，绿色的表示协方差组分，蓝色的是计算的遗传相关：
计算公式：

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GenStat界面

数据

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模型

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asreml-r代码

mod <- asreml(cbind(DWKEar, DWKPlant, KDM, TKW, TW) ~ trait + trait:(location + Rep), random=~ us(trait):Genotype, rcov =~ units:us(trait), data=dat)