R语言做图R plot绘图

【R语言】复现SCI文章PCA图

2021-12-17  本文已影响0人  生信交流平台

前面用了三期内容给大家讲解factoextra这个R包来绘制发表级的PCA图。

【R语言】factoextra生成发表级PCA主成分分析图(一)

【R语言】factoextra生成发表级PCA主成分分析图(二)

【R语言】factoextra生成发表级PCA主成分分析图(三)

在第三期内容里面,我们试图在同一张图里面既按照样本类型来对样本进行着色,又根据特征的贡献度来对特征进行着色,但是最后以失败告终。为什么会有这个想法呢?因为在下面这篇SCI文章里面,作者也是用的这个factoextra包,画出了一张发表级的PCA图。

小编偷偷的去查了一下这篇文章的影响因子,有7.5分呢!

看看作者在方法部分的描述,用的就是factoextra这个包。

然后我们来看看文章中的这张发表级图长得什么样子,这就更加坚定了小编的决心,一定要复现这张图。

经过小编的不断尝试和深入研究,最后终于用iris这套数据集画出了跟文章中类似的图

复现这张图的代码+前三期的完整代码下载。小编已经写了完整详尽的注释,方便大家学习。 如果大家想复现其他SCI文章中的图片,可以联系小编 ☞科研绘图☜

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