12#pan-genome#大豆#

Li Y, Zhou G, Ma J, et al (2014) De novo assembly of soybean wild relatives for pan-genome analysis of diversity and agronomic traits. Nat Biotechnol 32:1045–1052. https://doi.org/10.1038/nbt.2979

作物的野生近亲是农业遗传多样性的一个重要来源，但它们的基因库在很大程度上尚未被探索。通过对七份具有系统发育和地理代表性的材料进行测序和从头组装，建立和分析栽培大豆（Glycine max）的野生近亲大豆（Glycine soja）的泛基因组。基因组间比较确定了谱系特异性基因和具有拷贝数变异或大效应突变的基因，其中一些基因显示出正选择的证据，可能对农艺性状的变异有贡献，如生物抗性、种子组成、开花和成熟时间、器官大小和最终生物量。大约80%的泛基因组存在于所有七份材料（核心材料）中，而其余的则是可有可无的，并且表现出比核心基因组更大的变异，这可能反映了在适应不同环境中的作用。这项工作将有助于利用野生大豆尚未开发的遗传多样性，以提高优良品种。

repertoire 全部、库
remains largely unexplored 尚未被探索
phylogenetically and geographically representative accessions 系统发育和地理代表性材料
contribute to 贡献、有助于