早前接触到RNA-Seq，在进行GFF转GTF这一步时，使用的是cufflinks的附属工具gffread，

但是发现如果GFF更加不规则一些，gffread就没有办法处理了。

这几天发现一个软件非常好用：AGAT。

举个例子

下面这个文件，是从miRBase官网下载的ath.gff3，包含的是拟南芥中miRNA的位置信息，如果想要刁钻一点使用STAR进行miRNA-seq分析，就得需要对应的gtf文件，

但是使用gffread的话，就只能生成一个空文件，

gffread ath.gff3 -T -o ath.miRNA.gtf
ls -sh ath.miRNA.gtf
# 0 ath.miRNA.gtf

ATAG不一样，AGAT它了不起，

agat_convert_sp_gff2gtf.pl --gff ath.gff3 -o ath.miRNA.gtf
ls -sh ath.miRNA.gtf
# 304K ath.miRNA.gtf

less查看一下，信息也没拉下。