外泌体多组学20-早期食管鳞状细胞癌和良性食管炎中差异表达的外泌
2022-05-28 本文已影响0人
信你个鬼
目的:探讨外泌体长链非编码rna(lncRNAs)在早期食管鳞状细胞癌(ESCC)和良性食管炎中的作用;外泌体lncrna使用RNA-seq进行分析,并通过实时荧光定量PCR、功能缺失、共培养和RNA下拉分析进行验证;外泌体lncRNA比mRNA具有更紧密的组织特异性、更高的表达水平和更低的剪接效率。
文章信息
- 文献标题:RNA sequencing of exosomes revealed differentially expressed long noncoding RNAs in early-stage esophageal squamous cell carcinoma and benign esophagitis
- Doi:10.2217/epi-2019-0371
- 发表时间:Published online: 11 February 2020 Epigenomics (Epub ahead of print)
- 通讯作者:Rihong Zhai 广东省公共卫生学院基因组稳定与疾病预防重点实验室,卡森癌症中心,深圳大学健康科学中心
数据情况
- 早期(病理I-II期)ESCC患者(=6)、食管炎病例(食管6)和食管正常的受试者(=6)
- 血浆外泌体
- 过滤:gene > 5(cpm)
- FPKM >1 was used as a value of cut-off limit for lncRNA and mRNA detection across all samples
- GEO:GSE104926
血浆外泌体鉴定
- 透射电镜检查显示,外泌体颗粒具有双层膜
- 纳米颗粒跟踪系统分析表明,大部分粒径在30~140nm之间
- 流式细胞术分析显示,所有外泌体表面生物标志物(CD63和CD81)的阳性率分别为>80%
外泌体lncrna和mrna的鉴定
- 血浆外泌体的rna序列平均每个样本产生88.3M个reads(rRNA耗尽)
- 所有样品的clean数据的Q20和Q30分别为>98和>95%
- 平均而言,我们检测到15132、17624和18147个mrna;在对照组、食管炎和ESCC的外泌体中分别有8421、7442和8347个lncrna的表达
外泌体lncrna和mrna表达的特征
- 超过80%的外泌体lncrna位于基因间区域;其中12-15%位于内含子区,约2%位于外显子区
- 外泌体lncrna片段对转录体几乎没有偏倚
- 外泌体lncRNA的表达密度和分布以及累积reads的分布存在样本间差异
- lncrna中的中位表达水平(FPKM)显著高于mrna
- 在对照体、食管炎和ESCC中,外泌体lncrna的食管特异性转录率显著高于mrna
- 此外,外泌体lncrna的中位剪接效率(∼50%)低于外泌体mrna(∼90%;图2C)
数据详情:
image-20220527194041211.png比对率,但是有点奇怪,跟上面的样本的数据量对不上
image-20220527194614538.png表达量:
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比对区间类型:
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