Seqkit小工具处理序列、提取序列ID
2022-07-17 本文已影响0人
队长的生物实验室
Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。
优点
1.能够非常全面的处理fasta/q文件，运行速度超快的序列工具
2.支持多平台(Linux/Windows/macOS)使用,是一款轻量级软件
3.可以做到开箱即用（无依赖，无需编译，无需配置）
安装
conda install -c bioconda seqkit
参数
参数
基本用法
seqkit seq test.fa#查看 fa文件
seqkit translate test.fa > protein.fa #转化为蛋白序列
seqkit translate test.fa --trim >protein.fa #去除*
seqkit grep -f test_id.txt test.fa -o new_test.fa #根据id提取序列
seqkit seq hairpin.fa.gz -n -i #展示序列ID
