跟着NC学作图 | 差异比较小提琴+柱状组合图

2023-03-05 本文已影响0人小杜的生信筆記

关于小提琴图和柱状图的绘制教程很多，在我们前面的教程中也推送过，大家感兴趣的可以去看一下。今天，我们继续小提琴+柱状图的组合图，且绘制出差异标识。

绘图

数据准备

library(ggpubr)

df <- read.csv("20230306.input.csv",header = T)
head(df)

数据根据自己的需求准备即可。

差异比较分类

这不是比较关键的，只能两两比较。

my_comparisons <- list( c("non_metastatic", "weakly_metastatic"), 
                        c("non_metastatic", "metastatic"), 
                        c("weakly_metastatic", "metastatic") )

> my_comparisons
[[1]]
[1] "non_metastatic"    "weakly_metastatic"

[[2]]
[1] "non_metastatic" "metastatic"    

[[3]]
[1] "weakly_metastatic" "metastatic"

绘图

基础图形

ggviolin(df, "status_metpot", "emt_score", fill = "status_metpot"）

更改颜色

ggviolin(df, "status_metpot", "emt_score", fill = "status_metpot",
             palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))

添加柱子

ggviolin(df, "status_metpot", "emt_score", fill = "status_metpot",
+          palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),add = "boxplot", add.params = list(fill = "white"))

柱子颜色可以更改，add.params = list(fill = "white")。

添加差异比较标识

使用stat_compare_means()函数进行差异比较。

stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,method="wilcox")

使用“ * ” 标记

“ * ”号标记是比较常用的标记，我只需要在更改显示即可label = "p.signif"。

stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,method="wilcox", label = "p.signif")

abel = "p.signif": 显示**标记
size=7: 更改显示大小
method: 比较方法

添加线条参数

geom_hline(yintercept=0, linetype="dashed", color = "red")

完整代码

my_comparisons <- list( c("non_metastatic", "weakly_metastatic"), 
                        c("non_metastatic", "metastatic"), 
                        c("weakly_metastatic", "metastatic") )

ggviolin(df, "status_metpot", "emt_score", fill = "status_metpot",
             palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
             add = "boxplot", add.params = list(fill = "white"),xlab="Metastatic Potential")+ 
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,method="wilcox", label = "p.signif", ## label = "p.signif" 显示**标记
                     hide.ns=TRUE,size=7)+   ## size 显示大小
  geom_hline(yintercept=0, linetype="dashed", color = "red")