Orthofinder2鉴定单拷贝基因并构建进化树
2022-04-02 本文已影响0人
wo_monic
实验目的：比较基因组学，从基因组获取单拷贝基因，并构建有根的进化树，并估计分化时间，最终画出有分化时间的进化树
实验流程：
orthofinder2获取单拷贝基因——muscle多序列比对——Gblocks寻找保守位点——iqtree2构建进化树——MCMCTREE计算分歧时间——
（1）单拷贝基因的查找 Orthofinder；
（2）多序列比对 Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee， 本实验使用Muscle
（3）调取保守区域，并收尾连接，形成supergene ，使用软件Gblocks
（4）进化树构建 RaxML，PhyML或Mrbayes,本实验使用iqtree2
构建树的教程：https://www.yuque.com/wusheng/gw7a9p/mcc73y
（5）分化时间分析 divergence time，本实验使用mcmctree 是PAML 软件包的一个功能。分化时间进化树可视化使用MCMCTreeR
（6）基因扩张收缩分析 CAFE
（7）基因正选择codeML PAML中一个程序
- 提取所有基因组每个基因的最长的转录本
