如何使用rmd文档代码顺利画出美图
从找差异基因到画出火山图,美到起飞~~~
图片 图片小伙伴的邮箱收到一个压缩包rmd文档,怎么才能用它顺利的画出美图呢?
小丫带你一步一步来,重点看第三步:
【第零步】安装R和Rstudio
【第一步】打开.Rmd文件,是R Markdown格式
图片怎么会有乱码?下伙伴推荐了这篇:https://www.cnblogs.com/nxld/p/6098987.html,小丫用的是UTF-8
【第二步】来到“环境设置”部分,点击最右侧的绿色三角形,就会运行这段代码
图片可能会遇到类似这样的错误提示:there is no package called GEOquery(包的名字)
。它在告诉你缺少哪个包。
怎样安装R包,参考这篇:《学习R语言,从这一课开始》
【第三步】点击Knit
图片在下半部分的R Markdown窗口里能看到进度,对应上半部分FigureYa59volcano.Rmd文件里的段落。
图片待运行结束,会跳出一个预览页面,生成了一个html文件、还输出了数据文件、以及保存为PDF文件的矢量图。
【典型错误动作一】
看到html文件里有代码,就复制代码,粘贴到R里面运行。
小丫点评:html文件的存在,只为了证明这套代码能够成功的从输入跑出输出。
小丫推荐动作:打开FigureYa59volcano.Rmd文件,点击绿色三角形运行整段代码,或者按下command + return(MAC)逐行运行代码。
小丫特意录了一小段视频
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致敬 Yihui Xie,https://yihui.name/
【典型错误动作二】
一看到Error!赶紧去群里问
小丫点评:这样的问题让人怀疑人生。
小丫推荐动作:
1. 先跑示例数据(正对照)
2. 小白要把自己的数据调整成跟示例数据一模一样,包括列名。
- google搜一搜,实在不行bing搜一搜,再不济sogo搜一搜
致敬Y叔《how to bug author》
【典型错误动作三】
手机对着电脑屏幕拍照
徐洲更点评:拍摄技术会被女朋友嫌弃
小洁推荐动作:snipaste(小洁是谁?看这篇:R数据科学--第22章 R Markdown 输出格式)
小丫推荐动作:微信截图
图片【典型错误动作四】
只截最后一行代码和报错信息
小丫点评:神仙知道你前面做了什么,天才能记住所有代码。
小丫推荐描述:我跑了示例数据,没问题。现在在跑自己的数据,输入数据截图(如果能上传输入文件更佳)。从代码到报错都要截,前面的代码尽量多截。
怎样用到你自己的数据上?
小白:把你自己的数据调整成输入文件easy_input.csv的格式,然后替换掉easy_input.csv文件;
高手:写成函数
不推荐:从html文件复制粘贴代码,不推荐,不推荐,不推荐