如何使用rmd文档代码顺利画出美图

2021-05-18  本文已影响0人  Seurat_Satija

从找差异基因到画出火山图,美到起飞~~~

图片 图片

小伙伴的邮箱收到一个压缩包rmd文档,怎么才能用它顺利的画出美图呢?

小丫带你一步一步来,重点看第三步:

【第零步】安装R和Rstudio

【第一步】打开.Rmd文件,是R Markdown格式

图片

怎么会有乱码?下伙伴推荐了这篇:https://www.cnblogs.com/nxld/p/6098987.html,小丫用的是UTF-8

【第二步】来到“环境设置”部分,点击最右侧的绿色三角形,就会运行这段代码

图片

可能会遇到类似这样的错误提示:there is no package called GEOquery(包的名字)。它在告诉你缺少哪个包。

图片

怎样安装R包,参考这篇:《学习R语言,从这一课开始

【第三步】点击Knit

图片

在下半部分的R Markdown窗口里能看到进度,对应上半部分FigureYa59volcano.Rmd文件里的段落。

图片

待运行结束,会跳出一个预览页面,生成了一个html文件、还输出了数据文件、以及保存为PDF文件的矢量图。


【典型错误动作一】

看到html文件里有代码,就复制代码,粘贴到R里面运行。

小丫点评:html文件的存在,只为了证明这套代码能够成功的从输入跑出输出。

小丫推荐动作:打开FigureYa59volcano.Rmd文件,点击绿色三角形运行整段代码,或者按下command + return(MAC)逐行运行代码。

小丫特意录了一小段视频

<iframe frameborder="0" width="677" height="380.8125" allow="autoplay; fullscreen" allowfullscreen="true" src="https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?origin=https%3A%2F%2Fmp.weixin.qq.com&chid=17&vid=p135402bhme&autoplay=false&full=true&show1080p=false&isDebugIframe=false" style="margin: 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important;"></iframe>

致敬 Yihui Xie,https://yihui.name/

【典型错误动作二】

一看到Error!赶紧去群里问

小丫点评:这样的问题让人怀疑人生。

小丫推荐动作:

1. 先跑示例数据(正对照)

2. 小白要把自己的数据调整成跟示例数据一模一样,包括列名

  1. google搜一搜,实在不行bing搜一搜,再不济sogo搜一搜

致敬Y叔《how to bug author

【典型错误动作三】

手机对着电脑屏幕拍照

徐洲更点评:拍摄技术会被女朋友嫌弃

小洁推荐动作:snipaste(小洁是谁?看这篇:R数据科学--第22章 R Markdown 输出格式

小丫推荐动作:微信截图

图片

【典型错误动作四】

只截最后一行代码和报错信息

小丫点评:神仙知道你前面做了什么,天才能记住所有代码。

小丫推荐描述:我跑了示例数据,没问题。现在在跑自己的数据,输入数据截图(如果能上传输入文件更佳)。从代码到报错都要截,前面的代码尽量多截

怎样用到你自己的数据上?

小白:把你自己的数据调整成输入文件easy_input.csv的格式,然后替换掉easy_input.csv文件;

高手:写成函数

不推荐:从html文件复制粘贴代码,不推荐,不推荐,不推荐

上一篇下一篇

猜你喜欢

热点阅读