找到结直肠癌肝转移的miRNA及目标基因通路

2019-05-08 本文已影响73人 Forest_Lee

原文题目：Development of novel predictive miRNA/target gene pathways for colorectal cancer distance metastasis to the liver using a bioinformatic approach

摘要

背景：

对于结直肠癌肝转移缺乏有效的预测因子，该研究旨在寻找它们。

方法：

分析GEO数据库的数据集；找到DEGs和miRNA；在其他数据集中验证找到的DEGs和miRNA；PPI及通路分析

材料与方法

1.找到DEGs和miRNA

microarrays: GSE49355,GSE41258,GSE81558

miRNA : GSE54088,GSE56350

对上述数据集使用GEO2R分析，其中DEGs 标准为p < 0.05 ,FDR < 0.05; DE miRNA 标准为p < 0.05 ,FDR < 0.1

使用Venn工具确定common gene 和 miRNA，将miRNA输入miRDB online software，预测miRNA的靶点。

对identified miRNAs and their targets进一步使用mirDIP 4.1和integrative database of human microRNA target predictions进行验证

2.验证

GSE39582 下载数据集

绘制Box plot来显示M0和M1组之间的表达式状态，以及采用Mann-Whitney检验计算p值，p<0.05为显著。为了进一步评价miRNA及其靶基因的解释能力，我们进行了logistic回归并检验了其意义。基于miRNA和靶基因估计回归模型，M1和M0组基因表达差异显著，并计算得分。模型后进行ROC分析，使用Youden’s method计算AUC，敏感性和特异性。

3.在CRC病人血清外泌体中验证miRNA

随着人们对循环mirna作为新的癌症生物标志物兴趣的增加，外泌体(exosomes)被评估为生物标志物。外泌体是由各种细胞分泌的小膜泡，其成分(脂质、mRNA、miRNA和蛋白质反映了分泌它们的原始细胞。

GSE39833

4.PPI和功能富集分析

使用GeneMANIA工具和Cytoscape软件，选择FDR<0.05、p值<0.05和基因4的通路。

结果