samtools

序列比对：将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对，比对结果格式比较常见的是sam和bam文件。
samtools用途：操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，完成比对结果的统计汇总。

samtools依赖的包，目前最方便的是通过conda安装，但是还是要知道原理。

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zlib库安装

#下载并解压：
mkdir /biosoft/zlib
cd /biosoft/zlib
curl -O http://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
tar xvfz zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11

#进入解压后的zlib目录，执行以下命令安装zlib
./configure
make 
make check
make install

在make install这一步，由于要把zlib安装到/usr/local/lib 路径下，所以可能需要root 权限。安装成功后，可以在/usr/local/lib下找到 libz.a。

curses库安装

#首先查看curses相关的安装包：
yum search curses
yum -y install ncurses-devel.x86_64

htslib包安装

#下载：
mkdir /biosoft/htslib
cd /biosoft/htslib
wget https://github.com/samtools/htslib/archive/develop.zip
#解压:
unzip develop.zip
cd htslib-develop
#安装： 
autoconf       #Generate the configure script, if needed
./configure    #Optional, needed for choosing optional functionality
make
make install
#在./configure过程中可能会报错，原因是有些库或包没安装，根据报错信息提示的将缺失包安装即可。

安装完成后，再./configure一次，如果提示缺少库或包，按照前面方法安装即可，直到全部安装成功，然后进行编译。

samtools安装

#下载并解压：
mkdir /biosoft/samtools
cd /biosoft/samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/archive/develop.zip
unzip develop.zip
mkdir samtools-v1.9
cd samtools-develop
#编译安装：
autoheader            # Build config.h.in (this may generate a warning about                                               # AC_CONFIG_SUBDIRS - please ignore it). 
autoconf -Wno-syntax  # Generate the configure script 
./configure --prefix=/biosoft/samtools/samtools-v1.9   # --prefix 添加安装路径
make 
make install