生物信息杂谈生信分析工具包«怎么制作生信美图»

使用Highcharts 在线快捷绘制漂亮的桑基图(sankey

2019-10-11  本文已影响0人  生信杂谈

桑基图主要用来表征数据流在不同层级不同模块之间的传播,既包含了数量级特征也包含了传播方向模块关联属性,多层复杂网络的桑基图看起来极其高大上,也出现在了各顶级期刊文章配图中。

2017. Cell. A Next Generation Connectivity Map: L1000 Platform and the First 1,000,000 Profiles

    桑基图的绘制和网络图的绘制基本一致,都是携带数量属性的节点与节点之间的映射关系。已有R包可以实现桑基图的绘制,如riverplot,但我们今天介绍一款不需要编程的在线绘制桑基图的工具: Highcharts Demos

    首先我们打开Highcharts 桑基图的实例网址:https://www.highcharts.com/demo/sankey-diagram,然后点击中间的EDIT IN JSFIDDLE

    接下来我们在在线代码编辑器的左下方的面板里修改数据文件,或者替换为我们的数据,然后点击左上角的Run按钮就可以了。


    比如我们修改数据为组织和基因之间的关系:
            ['心脏', 'AA1', 5],
            ['心脏', 'AA2', 15],
            ['心脏', 'AA3', 3],
            ['肺', 'AA4', 7],
            ['肺', 'AA2', 7],
            ['肝', 'AA1', 7],
            ['肝', 'AA4', 7],
            ['肝', 'AA4', 7],

    如果更复杂一点,导入我们自己的数据,可以绘制更漂亮的桑基图:


当然也可以使用echarts的桑基图绘制模板:https://www.echartsjs.com/examples/zh/editor.html?c=sankey-energy


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